More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3346 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 417 aa  856    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.95 
 
 		 427 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  46.23 
 
 		 419 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  36.83 
 
 		 417 aa  289  8e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 420 aa  272  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  37.07 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 400 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  37.26 
 
 		 416 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 406 aa  256  5e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  33.33 
 
 		 403 aa  253  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  35.19 
 
 		 426 aa  253  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 415 aa  251  2e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 414 aa  250  4e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 411 aa  249  8e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  33.57 
 
 		 414 aa  248  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 422 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 453 aa  247  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 415 aa  244  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 443 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  31.39 
 
 		 422 aa  239  5.999999999999999e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  30.9 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  34.13 
 
 		 417 aa  234  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  33.65 
 
 		 407 aa  234  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 428 aa  232  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 443 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 447 aa  204  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.18 
 
 		 414 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.18 
 
 		 414 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  26.7 
 
 		 414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 500 aa  173  5e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  28.19 
 
 		 414 aa  171  2e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  36 
 
 		 272 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  37.6 
 
 		 268 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  36.4 
 
 		 268 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 487 aa  163  6e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  34.24 
 
 		 273 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  37.2 
 
 		 269 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  36.4 
 
 		 276 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  41.87 
 
 		 277 aa  157  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 1691 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 274 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  34.43 
 
 		 526 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  27.24 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 917 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  28.86 
 
 		 301 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  27.4 
 
 		 304 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 312 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 314 aa  114  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 546 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.15 
 
 		 314 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 300 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 546 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.94 
 
 		 544 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.94 
 
 		 544 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.99 
 
 		 455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  24.34 
 
 		 543 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.14 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 304 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 322 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  27.24 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.34 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 419 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  27.36 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  24.58 
 
 		 544 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  30.66 
 
 		 462 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 310 aa  106  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1108  diguanylate cyclase  24.32 
 
 		 454 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.8 
 
 		 543 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  23.7 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.69 
 
 		 324 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 555 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 351 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 316 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>