More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0883 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0883  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  100 
 
 
491 aa  974    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6495  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  49.26 
 
 
479 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3697  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  47.51 
 
 
481 aa  414  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.108936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1957  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  41.77 
 
 
511 aa  349  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3819  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  41.68 
 
 
514 aa  345  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891918  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0567  secretion protein HlyD family  38.03 
 
 
491 aa  335  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1969  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.33 
 
 
468 aa  233  6e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.786777  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2575  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.27 
 
 
480 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00303774 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3075  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  32.55 
 
 
473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.775261  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4164  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.72 
 
 
469 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.833076  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5422  HlyD family secretion protein  33.82 
 
 
473 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970488  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06454  hypothetical protein  32.03 
 
 
457 aa  208  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2368  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.14 
 
 
447 aa  206  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5156  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.08 
 
 
447 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.540903  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1567  hemolysin secretion protein D  32.11 
 
 
473 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.496852  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6669  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  33.68 
 
 
466 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00836718  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1500  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.5 
 
 
473 aa  196  7e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5004  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  31.19 
 
 
447 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278791  normal  0.604975 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6771  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  32.33 
 
 
475 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1021  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  31.59 
 
 
444 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.458838 
 
 
-
 
NC_003296  RS03671  hemolysin secretion-like transmembrane protein  30.82 
 
 
447 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1057  RTX toxin transporter  29.94 
 
 
467 aa  180  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4926  HlyD family secretion protein  31.11 
 
 
472 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2315  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.38 
 
 
465 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.321229  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2692  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.38 
 
 
465 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2003  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.15 
 
 
456 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.295152  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1890  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  28.15 
 
 
456 aa  168  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0020  leukotoxin secretion protein D  27.13 
 
 
479 aa  163  7e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1445  putative membrane-fusion protein  25.92 
 
 
434 aa  156  9e-37  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00910386  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2552  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.31 
 
 
472 aa  155  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1802  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.95 
 
 
452 aa  154  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.520041 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0311  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.13 
 
 
460 aa  154  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4141  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.49 
 
 
460 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.504346  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2714  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.12 
 
 
451 aa  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401669  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3260  HlyD family secretion protein  25.99 
 
 
460 aa  150  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0547  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  28.26 
 
 
439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0475  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.81 
 
 
460 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.205035  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0983  secretion protein HlyD family protein  24.28 
 
 
439 aa  145  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.213399  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2759  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.05 
 
 
421 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246245  normal  0.864922 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0366  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.11 
 
 
460 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0380  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.99 
 
 
460 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3811  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.43 
 
 
451 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00739118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4319  HlyD family secretion protein  26.37 
 
 
484 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4100  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.54 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3907  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.54 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4006  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.54 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3984  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.54 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0382  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.32 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3644  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.32 
 
 
460 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0383  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.81 
 
 
468 aa  139  2e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.172462  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3593  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.32 
 
 
460 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1460  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.92 
 
 
453 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6210  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.39 
 
 
480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.596847  normal  0.481561 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0434  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  24.18 
 
 
460 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0162  HlyD family secretion protein  24.32 
 
 
481 aa  134  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3063  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.79 
 
 
453 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1474  secretion system protein D  27.19 
 
 
378 aa  133  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3566  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  27.73 
 
 
463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1212  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.36 
 
 
453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1439  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.51 
 
 
488 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.179501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0052  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  27.35 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2986  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.53 
 
 
443 aa  130  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1509  secretion system protein D  26.1 
 
 
378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1101  secretion protein, HlyD family  23.56 
 
 
463 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1419  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.39 
 
 
446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0206  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  23.38 
 
 
430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2502  secretion protein  28.11 
 
 
439 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.867679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0382  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.16 
 
 
460 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3047  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.8 
 
 
477 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.666099  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2243  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.89 
 
 
444 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1759  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.94 
 
 
518 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0119826 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001011  ABC-type protease exporter membrane fusion protein (MFP) family component PrtE/AprE  24.12 
 
 
463 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0276  HlyD family secretion protein  26.51 
 
 
390 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0227266  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0786  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.71 
 
 
472 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.378265  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2843  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family protein  25.77 
 
 
404 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6075  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.15 
 
 
474 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0374496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6372  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.15 
 
 
474 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.17068  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1976  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.73 
 
 
448 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6406  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25 
 
 
480 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07089  hypothetical protein  23.39 
 
 
486 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1882  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  24.16 
 
 
430 aa  123  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5063  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.26 
 
 
458 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.555972 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0004  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.05 
 
 
442 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.197437  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1515  HlyD family secretion protein  36.9 
 
 
227 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.619726 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2195  HlyD family secretion protein  27.08 
 
 
471 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1159  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  25.7 
 
 
466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126981 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2059  HlyD family secretion protein  27.08 
 
 
469 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2823  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  23.69 
 
 
443 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.51941 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.37 
 
 
458 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000605389 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0185  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.37 
 
 
458 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2093  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.23 
 
 
468 aa  121  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0184  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.37 
 
 
458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.326203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4600  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  26.32 
 
 
410 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4148  HlyD family secretion protein  24.29 
 
 
441 aa  120  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2661  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  24.28 
 
 
473 aa  120  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0794  type I secretion membrane fusion protein, HlyD family  23.27 
 
 
440 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00028021  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2412  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.61 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.449428  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2137  type I secretion adaptor protein (HlyD family)  23.63 
 
 
442 aa  119  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.83885  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2166  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  27.61 
 
 
427 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0862799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0787  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  26.49 
 
 
403 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>