More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0058 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2701  FecR protein  53.3 
 
 		 1237 aa  1266    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0375839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0058  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1198 aa  2410    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.872531  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2370  TPR repeat-containing protein  54.4 
 
 		 1272 aa  1288    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0364694 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1063  TPR repeat-containing protein  25.75 
 
 		 1129 aa  88.2  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194908  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5131  TPR repeat-containing protein  26.48 
 
 		 361 aa  73.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131061 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  23.13 
 
 		 3145 aa  72.8  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.19 
 
 		 988 aa  72  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  26.83 
 
 		 462 aa  71.6  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  28.73 
 
 		 586 aa  71.6  0.00000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.23 
 
 		 1022 aa  70.5  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 		 1421 aa  70.5  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 614 aa  70.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  32.52 
 
 		 626 aa  69.7  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.89 
 
 		 1056 aa  69.7  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  32.52 
 
 		 614 aa  69.7  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  32.52 
 
 		 614 aa  69.7  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 614 aa  69.7  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  32.52 
 
 		 626 aa  69.3  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.1 
 
 		 818 aa  68.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.91 
 
 		 629 aa  68.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 927 aa  67  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4081  methyltransferase type 12  28.51 
 
 		 456 aa  67.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000110716 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  26.52 
 
 		 378 aa  67.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.68 
 
 		 1056 aa  66.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0492  TPR repeat-containing protein  29.83 
 
 		 586 aa  66.6  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.33 
 
 		 784 aa  65.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3793  TPR repeat-containing protein  24.91 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.085128 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.81 
 
 		 810 aa  64.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2135  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.26 
 
 		 373 aa  64.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.204203  normal  0.945333 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  25.12 
 
 		 706 aa  63.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4774  TPR repeat-containing protein  23.51 
 
 		 371 aa  63.2  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0369  TPR repeat-containing protein  26.76 
 
 		 446 aa  62.8  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3115  TPR repeat-containing protein  29.07 
 
 		 284 aa  62.8  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000023055  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  27.87 
 
 		 620 aa  62.4  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  25.47 
 
 		 820 aa  62.4  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  26.46 
 
 		 594 aa  62  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 		 878 aa  61.6  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  25.22 
 
 		 733 aa  61.6  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28721  hypothetical protein  24.77 
 
 		 706 aa  61.6  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  25.45 
 
 		 725 aa  61.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  29.73 
 
 		 620 aa  60.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  27.92 
 
 		 649 aa  60.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28681  hypothetical protein  29.01 
 
 		 539 aa  60.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.71597 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.32 
 
 		 632 aa  60.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2203  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 		 331 aa  59.7  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12541  Tfp pilus assembly protein PilF  24.36 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.34619  hitchhiker  0.00140851 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  25.76 
 
 		 267 aa  59.3  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  24.69 
 
 		 827 aa  59.3  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2231  TPR repeat-containing protein  31.73 
 
 		 265 aa  59.3  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000660918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2091  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.29 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3295  TPR repeat-containing protein  29.76 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0319  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0540059  normal  0.098872 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28701  hypothetical protein  23.9 
 
 		 582 aa  59.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3643  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.97 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  31.34 
 
 		 643 aa  58.5  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2471  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.97 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0400427  normal  0.45906 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  21.26 
 
 		 597 aa  58.5  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1755  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000044478  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3694  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.11 
 
 		 2507 aa  58.5  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2754  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 		 295 aa  58.2  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2825  Methyltransferase type 12  28.93 
 
 		 436 aa  57.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2907  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.09 
 
 		 471 aa  58.2  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2618  hypothetical protein  29.58 
 
 		 630 aa  57.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  28.66 
 
 		 566 aa  57  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  34.31 
 
 		 258 aa  57  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 274 aa  57.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  27.22 
 
 		 554 aa  57.4  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1178  TPR repeat-containing protein  25.12 
 
 		 280 aa  56.6  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3102  TPR repeat-containing protein  28.08 
 
 		 313 aa  56.6  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000142669  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  27.4 
 
 		 626 aa  56.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4608  TPR repeat-containing protein  26.7 
 
 		 1404 aa  56.6  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.406661 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3965  TPR repeat-containing protein  28.18 
 
 		 425 aa  56.2  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 323 aa  56.2  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  26.78 
 
 		 265 aa  55.8  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 		 808 aa  56.2  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0431  Tetratricopeptide TPR_4  31.25 
 
 		 615 aa  56.2  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.504045  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1834  TPR repeat-containing protein  27.86 
 
 		 593 aa  55.8  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0243  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 		 208 aa  55.5  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.127552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6666  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.83 
 
 		 839 aa  55.5  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00671712  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2908  TPR repeat-containing protein  31.9 
 
 		 203 aa  55.5  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  23.48 
 
 		 594 aa  55.5  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  26.02 
 
 		 762 aa  55.1  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0214  TPR repeat-containing protein  32.77 
 
 		 308 aa  55.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  27.82 
 
 		 266 aa  54.7  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2415  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 		 686 aa  54.7  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  25.73 
 
 		 566 aa  55.1  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4782  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.55 
 
 		 746 aa  55.1  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.20458 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 392 aa  55.1  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2198  TPR repeat-containing protein  27.63 
 
 		 209 aa  55.1  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13031  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 306 aa  54.7  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0823406 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3472  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.84 
 
 		 916 aa  54.3  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00045069  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  29.37 
 
 		 217 aa  54.3  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.68 
 
 		 265 aa  53.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3772  O-linked GlcNAc transferase  29.03 
 
 		 269 aa  53.5  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2075  TPR repeat-containing protein  26.78 
 
 		 292 aa  53.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3363  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.66 
 
 		 289 aa  53.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.040769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.51 
 
 		 2240 aa  53.9  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0580  TPR repeat-containing protein  31.78 
 
 		 319 aa  53.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.274085 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1309  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 		 515 aa  53.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.153473  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>