More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2580 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  40.58 
 
 		 1092 aa  642    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  80.71 
 
 		 1075 aa  1711    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  75.49 
 
 		 1089 aa  1606    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  52.34 
 
 		 1131 aa  1094    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  74.41 
 
 		 1075 aa  1580    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  75.4 
 
 		 1089 aa  1605    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  47.83 
 
 		 1124 aa  994    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 1063 aa  2184    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  81.45 
 
 		 1075 aa  1723    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  57.74 
 
 		 1102 aa  1253    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  80.17 
 
 		 1080 aa  1699    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  50.42 
 
 		 1074 aa  992    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  73.18 
 
 		 1067 aa  1550    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  77.73 
 
 		 1092 aa  1651    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  28.85 
 
 		 973 aa  149  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  27.79 
 
 		 1194 aa  142  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  29.42 
 
 		 1157 aa  135  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.48 
 
 		 1823 aa  134  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  26.92 
 
 		 1078 aa  133  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  27.99 
 
 		 972 aa  128  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 1334 aa  125  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.32 
 
 		 1547 aa  125  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  27.24 
 
 		 1073 aa  123  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  27.92 
 
 		 1353 aa  122  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  28.54 
 
 		 1357 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  26.05 
 
 		 1032 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  27.71 
 
 		 969 aa  120  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  27.71 
 
 		 969 aa  120  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.95 
 
 		 1598 aa  119  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.21 
 
 		 1190 aa  118  6e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27 
 
 		 1607 aa  118  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  26.87 
 
 		 1399 aa  118  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  26.54 
 
 		 965 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  26.69 
 
 		 1308 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  26.54 
 
 		 897 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.81 
 
 		 1684 aa  116  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  28.77 
 
 		 1152 aa  115  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  27.69 
 
 		 1699 aa  115  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.84 
 
 		 1398 aa  113  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  28.19 
 
 		 1046 aa  112  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.38 
 
 		 1236 aa  111  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  26.62 
 
 		 1265 aa  109  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  26.76 
 
 		 1013 aa  109  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  40.69 
 
 		 205 aa  107  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.27 
 
 		 1599 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.18 
 
 		 1583 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  27.23 
 
 		 885 aa  105  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  0.0000384659 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  24.3 
 
 		 902 aa  105  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.33 
 
 		 1617 aa  102  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.51 
 
 		 1481 aa  102  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.72 
 
 		 1623 aa  102  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  26.06 
 
 		 1510 aa  100  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  27 
 
 		 901 aa  100  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1355 aa  98.6  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  26.49 
 
 		 1314 aa  98.6  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.55 
 
 		 1240 aa  97.4  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  25.38 
 
 		 1392 aa  95.9  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  23.85 
 
 		 539 aa  95.1  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  43.88 
 
 		 412 aa  94  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.4 
 
 		 1553 aa  94  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  26.64 
 
 		 1085 aa  91.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.46 
 
 		 1609 aa  91.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  25.93 
 
 		 994 aa  90.9  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  26.05 
 
 		 1657 aa  91.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.05 
 
 		 986 aa  90.5  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.96 
 
 		 1686 aa  90.1  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  26.89 
 
 		 1344 aa  90.1  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  26.64 
 
 		 1301 aa  90.1  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  28.71 
 
 		 947 aa  84.7  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  22.57 
 
 		 1026 aa  84.3  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.05 
 
 		 1760 aa  82.4  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1401 aa  82.4  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.88 
 
 		 1711 aa  81.6  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  41 
 
 		 711 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  24.93 
 
 		 1733 aa  80.5  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6781  WD-40 repeat-containing protein  23.11 
 
 		 1230 aa  80.1  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.97 
 
 		 1267 aa  79.7  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  24.45 
 
 		 1014 aa  76.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  28.51 
 
 		 928 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  22.57 
 
 		 681 aa  75.5  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  40.59 
 
 		 691 aa  75.5  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  24.28 
 
 		 1005 aa  74.3  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.58 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  35.57 
 
 		 961 aa  73.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.62 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.62 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  24.16 
 
 		 1020 aa  71.6  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  34.55 
 
 		 762 aa  71.6  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  38.71 
 
 		 693 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  36.89 
 
 		 729 aa  70.5  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  31.29 
 
 		 1020 aa  69.3  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.29 
 
 		 514 aa  69.3  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  34.31 
 
 		 717 aa  69.3  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  34.29 
 
 		 395 aa  68.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.29 
 
 		 514 aa  69.3  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>