More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0389 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  75.49 
 
 		 560 aa  796    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  78.69 
 
 		 567 aa  853    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 		 563 aa  1141    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  79.32 
 
 		 556 aa  858    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.89 
 
 		 561 aa  809    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.62 
 
 		 559 aa  807    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  72.11 
 
 		 561 aa  762    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  76.16 
 
 		 559 aa  813    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.98 
 
 		 559 aa  811    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  78.69 
 
 		 562 aa  862    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.62 
 
 		 559 aa  807    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  68.51 
 
 		 549 aa  741    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.89 
 
 		 561 aa  810    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.89 
 
 		 561 aa  808    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  70.89 
 
 		 556 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.56 
 
 		 558 aa  791    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  52.6 
 
 		 609 aa  530  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  50.44 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.35 
 
 		 550 aa  495  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  47.38 
 
 		 559 aa  489  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  46.59 
 
 		 544 aa  485  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  47.13 
 
 		 530 aa  482  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  46.14 
 
 		 569 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  47.54 
 
 		 537 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.4 
 
 		 572 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  43.28 
 
 		 543 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  41.21 
 
 		 554 aa  359  7e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.33 
 
 		 538 aa  338  1.9999999999999998e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  36.99 
 
 		 614 aa  330  6e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.31 
 
 		 577 aa  313  5.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  35.3 
 
 		 585 aa  311  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  27.04 
 
 		 625 aa  178  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.94 
 
 		 506 aa  169  1e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  24.77 
 
 		 508 aa  157  4e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  33.14 
 
 		 546 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  25.93 
 
 		 594 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  28.82 
 
 		 547 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  25.38 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  30.55 
 
 		 512 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  26.99 
 
 		 541 aa  144  6e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.64 
 
 		 506 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  24.9 
 
 		 470 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.6 
 
 		 581 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  28.72 
 
 		 569 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  29.41 
 
 		 574 aa  136  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  25.17 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  25.45 
 
 		 470 aa  135  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.13 
 
 		 463 aa  133  7.999999999999999e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  26.57 
 
 		 563 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.85 
 
 		 830 aa  130  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 716 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 641 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  26.06 
 
 		 697 aa  109  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.52 
 
 		 781 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  25.97 
 
 		 810 aa  107  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.51 
 
 		 662 aa  106  9e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  27.39 
 
 		 781 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  24.41 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  22.39 
 
 		 500 aa  105  3e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  29.73 
 
 		 797 aa  105  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.27 
 
 		 794 aa  104  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.01 
 
 		 819 aa  104  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 740 aa  103  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  28.01 
 
 		 686 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.79 
 
 		 787 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.21 
 
 		 736 aa  101  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  27.83 
 
 		 710 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  27.85 
 
 		 751 aa  100  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 703 aa  100  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.18 
 
 		 805 aa  99.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.44 
 
 		 738 aa  99.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  27.13 
 
 		 705 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 703 aa  99  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.78 
 
 		 763 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  27.3 
 
 		 710 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  27.58 
 
 		 675 aa  99  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  28.08 
 
 		 705 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  27.18 
 
 		 705 aa  99  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  30.38 
 
 		 915 aa  98.2  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 704 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  28.2 
 
 		 700 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  28.2 
 
 		 700 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  27.51 
 
 		 724 aa  97.4  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.22 
 
 		 686 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.22 
 
 		 686 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 686 aa  96.7  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  26.92 
 
 		 686 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  26.92 
 
 		 686 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  27.04 
 
 		 706 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  27.18 
 
 		 703 aa  96.3  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  27.36 
 
 		 704 aa  95.9  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  27.04 
 
 		 702 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.91 
 
 		 696 aa  95.9  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 		 714 aa  95.5  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.42 
 
 		 776 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.63 
 
 		 672 aa  94  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  22.97 
 
 		 784 aa  93.6  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  22.97 
 
 		 784 aa  93.6  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0749  type II and III secretion system protein  30 
 
 		 436 aa  93.6  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  26.05 
 
 		 714 aa  93.6  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>