More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05343 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  100 
 
 
391 aa  810    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  52.02 
 
 
417 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 
417 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  36 
 
 
415 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 
415 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  35.55 
 
 
419 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
445 aa  173  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  37.21 
 
 
413 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
432 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  30.67 
 
 
413 aa  163  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 
415 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  34.64 
 
 
397 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
415 aa  160  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
402 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
415 aa  159  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
390 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
415 aa  159  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
417 aa  157  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
399 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
399 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
411 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
413 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  37.55 
 
 
384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.9 
 
 
402 aa  153  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.93 
 
 
415 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
402 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.52 
 
 
396 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
411 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.06 
 
 
399 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.86 
 
 
399 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  29.64 
 
 
398 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  32.81 
 
 
407 aa  149  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.75 
 
 
399 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.75 
 
 
399 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.75 
 
 
399 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  33.98 
 
 
400 aa  149  9e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  32.62 
 
 
402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.51 
 
 
402 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.14 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.14 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.14 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.14 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.14 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.14 
 
 
392 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.53 
 
 
400 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1283  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.44 
 
 
401 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.154147  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
400 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  33.2 
 
 
397 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.12 
 
 
398 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4075  ABC-type transporter, periplasmic component  32.68 
 
 
404 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
404 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  33.2 
 
 
397 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.91 
 
 
404 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  30.38 
 
 
415 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.47 
 
 
427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.36 
 
 
403 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8044  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
406 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
408 aa  139  7.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  27.68 
 
 
410 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 
407 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
398 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0665  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.59 
 
 
400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0969  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  29.43 
 
 
405 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736695  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0659  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  29.59 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0430109 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 
405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3348  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
403 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.164921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0807  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
402 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329195  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.57 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  30.3 
 
 
411 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.481667  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  31.82 
 
 
409 aa  133  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  31.21 
 
 
393 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0619  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.34 
 
 
400 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1677  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  31.37 
 
 
404 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.3 
 
 
451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1640  putative UreA/short-chain amide ABC transporter  31.76 
 
 
412 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000640664  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1820  Extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
404 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2137  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand biinding protein  30.46 
 
 
404 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3887  ureA/short-chain amide ABC transporter  31.76 
 
 
413 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0891482  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
409 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.82 
 
 
401 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1421  UreA/short-chain binding protein of ABC transporter  27.82 
 
 
403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5024  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
400 aa  129  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.151241  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1336  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
400 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2930  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.99 
 
 
411 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  28.01 
 
 
410 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3303  amide-urea binding protein  30.43 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.219547  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3503  putative ABC transporter, substrate binding protein  32.43 
 
 
408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2450  urea/short-chain binding protein of ABC transporter  31.72 
 
 
408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.045034  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2999  putative urea/short-chain binding protein of ABC transporter  33.07 
 
 
408 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0873398  normal  0.403324 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.23 
 
 
393 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 
401 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
408 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
401 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>