180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3543 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3543  SMC protein-like  100 
 
 		 695 aa  1407    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3144  SMC (structural maintenance of chromosomes) family protein  39.44 
 
 		 682 aa  398  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.872592  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1621  hypothetical protein  34.97 
 
 		 596 aa  287  4e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0996  ATP-dependent OLD family endonuclease  33.51 
 
 		 637 aa  280  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0766  SMC domain protein  28.05 
 
 		 623 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000557605  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2666  hypothetical protein  29.11 
 
 		 553 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3224  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.65 
 
 		 615 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2290  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.97 
 
 		 669 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2572  hypothetical protein  33.18 
 
 		 650 aa  127  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00339016  normal  0.0605496 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2561  ATP-dependent endonuclease  37.86 
 
 		 613 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  27.24 
 
 		 712 aa  114  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5488  putative nucleoside triphosphate hydrolase domain-containing protein  33.84 
 
 		 598 aa  108  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3272  OLD family-like ATP-dependent endonuclease  38.19 
 
 		 758 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0038  hypothetical protein  25.65 
 
 		 594 aa  100  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.19507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4153  SMC domain-containing protein  24.8 
 
 		 574 aa  99  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0910063 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3408  hypothetical protein  23.93 
 
 		 594 aa  95.9  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.043782  normal  0.188523 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  30.05 
 
 		 703 aa  92  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1644  hypothetical protein  31.46 
 
 		 596 aa  90.5  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595797  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6476  ATP-dependent endonuclease, OLD family  31.25 
 
 		 762 aa  88.6  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0294  ATP-dependent endonuclease, OLD family  29.59 
 
 		 773 aa  87  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0724498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  29.57 
 
 		 691 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60070  hypothetical protein  32.72 
 
 		 807 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000312719  hitchhiker  0.0000000420342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4219  ATP-dependent endonuclease, OLD family  28.97 
 
 		 780 aa  85.9  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0001  hypothetical protein  28.9 
 
 		 707 aa  86.3  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.426286  unclonable  0.0000000168459 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003289  pathogenesis related protein  26.89 
 
 		 714 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31747  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6911  ATP-dependent OLD family endonuclease  30 
 
 		 669 aa  84  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0857845  hitchhiker  0.000559752 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3277  hypothetical protein  28.07 
 
 		 728 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0296184  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0681  overcoming lysogenization defect protein  26.92 
 
 		 696 aa  82.8  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0206  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.58 
 
 		 689 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2848  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.53 
 
 		 674 aa  79  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351188  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2954  putative exonuclease  21.72 
 
 		 659 aa  78.2  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0673  ATP-dependent endonuclease family protein  26.36 
 
 		 619 aa  78.2  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.924756 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0753  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.23 
 
 		 594 aa  77.8  0.0000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.362493  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2354  hypothetical protein  28.16 
 
 		 565 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2720  hypothetical protein  28.57 
 
 		 784 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1844  ATP-dependent OLD family endonuclease  27.22 
 
 		 640 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5469  hypothetical protein  31.34 
 
 		 763 aa  74.7  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.913319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4907  hypothetical protein  29.91 
 
 		 769 aa  74.7  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50635  normal  0.10457 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1604  hypothetical protein  22.43 
 
 		 685 aa  73.9  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3887  hypothetical protein  33.85 
 
 		 546 aa  73.9  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.333396  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4083  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.46 
 
 		 566 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3655  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.98 
 
 		 793 aa  72.4  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3047  ATP-dependent endonuclease family protein  26.22 
 
 		 598 aa  72  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.300622  normal  0.13978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  29.58 
 
 		 782 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3056  ATP-dependent endonuclease family protein  26.43 
 
 		 598 aa  71.2  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4970  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.31 
 
 		 677 aa  70.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358529 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2791  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.31 
 
 		 677 aa  70.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0639956 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2417  hypothetical protein  25.54 
 
 		 748 aa  69.7  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.295746  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1439  hypothetical protein  30.3 
 
 		 744 aa  69.7  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0880018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3193  plasmid-related protein  20.72 
 
 		 674 aa  67  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0945381 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4848  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.29 
 
 		 626 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1869  hypothetical protein  22.29 
 
 		 569 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.620953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3383  hypothetical protein  22.29 
 
 		 569 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  22.22 
 
 		 564 aa  62.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2759  ATP-dependent OLD family endonuclease  25.25 
 
 		 608 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0137  hypothetical protein  20.16 
 
 		 666 aa  62  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3363  hypothetical protein  27.85 
 
 		 607 aa  60.8  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.194578  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0597  hypothetical protein  27.73 
 
 		 773 aa  60.1  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1516  ATP-dependent endonuclease family protein  22.34 
 
 		 586 aa  59.7  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.749e-16 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  24.73 
 
 		 688 aa  58.2  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1709  SMC domain protein  26.7 
 
 		 584 aa  57.8  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.000133048  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1596  ATP-dependent OLD family endonuclease  21.98 
 
 		 652 aa  57.8  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0225  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.99 
 
 		 578 aa  57.4  0.0000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140656 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4162  ATP-dependent endonuclease family protein  22.86 
 
 		 600 aa  57.4  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138387  normal  0.169092 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2459  hypothetical protein  24 
 
 		 606 aa  57  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707067  normal  0.551867 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0449  hypothetical protein  25.5 
 
 		 554 aa  56.6  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380291  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0046  hypothetical protein  29.71 
 
 		 661 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.489022  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0201  hypothetical protein  22.59 
 
 		 442 aa  55.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0853474 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06203  hypothetical protein  25 
 
 		 669 aa  54.7  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1668  hypothetical protein  27.45 
 
 		 554 aa  54.7  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413918  normal  0.886793 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3175  SMC domain protein  25.27 
 
 		 634 aa  54.3  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0609812  unclonable  0.0000000000000447606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3185  ATP-dependent endonuclease family protein  25.81 
 
 		 641 aa  53.9  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0201  ATP-dependent endonuclease of the OLD family protein  29.93 
 
 		 558 aa  53.9  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0974  conserved protein nucleotide triphosphate hydrolase domain  30.25 
 
 		 552 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.120281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1037  hypothetical protein  30.25 
 
 		 552 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1006  hypothetical protein  30.82 
 
 		 552 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0940  hypothetical protein  30.82 
 
 		 552 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2270  hypothetical protein  28.86 
 
 		 553 aa  52.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250735  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1057  conserved protein, nucleotide triphosphate hydrolase domain protein  30.82 
 
 		 552 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0546  ATP-dependent OLD family endonuclease  26.47 
 
 		 708 aa  53.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00881  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2766  conserved hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.72525  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2283  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0243665  normal  0.014671 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1038  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2452  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.234891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00887  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1393  ATP-dependent OLD family endonuclease  29.25 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1049  AAA ATPase  28.46 
 
 		 537 aa  52.4  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0980  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0950  hypothetical protein  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.714273  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2720  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.48 
 
 		 552 aa  52.4  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.560965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2614  hypothetical protein  30.46 
 
 		 555 aa  51.6  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1594  hypothetical protein  30.46 
 
 		 555 aa  51.6  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2699  hypothetical protein  30.46 
 
 		 555 aa  51.6  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1866  ATP-dependent OLD family endonuclease  28.26 
 
 		 595 aa  51.2  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0505  ATP-dependent endonuclease, OLD family protein  25.91 
 
 		 663 aa  51.2  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0949649  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2727  ATP-dependent OLD family endonuclease  30.37 
 
 		 607 aa  50.8  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3711  SMC domain protein  23.94 
 
 		 653 aa  51.2  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3680  hypothetical protein  22.76 
 
 		 667 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228767  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3955  AAA ATPase  30.65 
 
 		 642 aa  50.4  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262295  hitchhiker  0.00100841 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>