More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0341 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  100 
 
 		 292 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  86.64 
 
 		 292 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  86.6 
 
 		 292 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  78.57 
 
 		 292 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  78.21 
 
 		 292 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  54.98 
 
 		 294 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  55.67 
 
 		 291 aa  299  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  53.68 
 
 		 298 aa  298  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  51.75 
 
 		 292 aa  297  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  54.32 
 
 		 294 aa  295  8e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  53.52 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  55.91 
 
 		 300 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  49.3 
 
 		 296 aa  285  7e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  49.3 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  49.3 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  48.28 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  48.96 
 
 		 286 aa  276  3e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  51.23 
 
 		 313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  51.05 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  50 
 
 		 292 aa  268  5.9999999999999995e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  52.08 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  46.02 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  46.32 
 
 		 284 aa  247  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  45.42 
 
 		 285 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  45.26 
 
 		 285 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  44.91 
 
 		 285 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  46.85 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  44.48 
 
 		 287 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  43.73 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  46.74 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  44.79 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  43.94 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  44.36 
 
 		 279 aa  217  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  49.12 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  48.08 
 
 		 289 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  48.43 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  40.81 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  45.58 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  44.37 
 
 		 282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  40.78 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  42.91 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  41.64 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  48.08 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  39.3 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.59 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  32.23 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  35.42 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  36.86 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  35.87 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  36.73 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  32.97 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  35.48 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  34.71 
 
 		 324 aa  158  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  34.81 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  35.24 
 
 		 323 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  35.37 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4000  citrate (pro-3S)-lyase  36.49 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.689771  normal  0.269494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3986  Citryl-CoA lyase  36.49 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4060  citrate (pro-3S)-lyase  36.49 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.548708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  35.96 
 
 		 318 aa  156  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  34.5 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  37.45 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  35.71 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  32.99 
 
 		 282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  33.21 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  36.9 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  36.75 
 
 		 286 aa  152  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.27 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  34.92 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  35.25 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  41.52 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  35.25 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4487  citrate (pro-3S)-lyase  35.59 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0353068  normal  0.0397424 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  36.73 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  32.92 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  34.92 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  32.82 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  35.36 
 
 		 306 aa  148  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  33.21 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  34.24 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  34.59 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  33.65 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  33.21 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  32.89 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  34.24 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  32.1 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.43 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.07 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  33.56 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  33.56 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  33.9 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.43 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>