120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1188 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  44.14 
 
 		 273 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 283 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  30.55 
 
 		 289 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  30.55 
 
 		 289 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  31.35 
 
 		 302 aa  94.7  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  30.18 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 283 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  38.1 
 
 		 280 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  34.87 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  32.99 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  29.02 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  27.27 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  33.56 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  33.33 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  31.33 
 
 		 264 aa  75.9  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  32.14 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  32.16 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  31.72 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  26.84 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  36.64 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  29.21 
 
 		 248 aa  72  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  35.82 
 
 		 144 aa  70.5  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  35.42 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  43.48 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  37.6 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  29.61 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  28.36 
 
 		 292 aa  65.1  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  26.05 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  35.59 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  36.81 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  25.11 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  34.56 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  34.56 
 
 		 204 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  27.59 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  40.51 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  30.91 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  47.62 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  25.47 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  24.88 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  25.62 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  29.17 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  29.17 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  31.49 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  28.85 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  34.21 
 
 		 289 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  27.94 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  35.42 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0717  phage repressor  26.57 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  26.29 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  32.18 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  22.91 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  42.86 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  26.09 
 
 		 216 aa  52.8  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  37.37 
 
 		 153 aa  52  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  37.35 
 
 		 246 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  25.71 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4320  peptidase S24 and S26 domain protein  45.45 
 
 		 143 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.381106 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  40.85 
 
 		 138 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  40.85 
 
 		 138 aa  50.4  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  45.45 
 
 		 148 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  27.13 
 
 		 249 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  45.45 
 
 		 243 aa  49.3  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  27.6 
 
 		 225 aa  48.9  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3840  SOS mutagenesis protein UmuD  41.43 
 
 		 143 aa  47.8  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  34.71 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  27.97 
 
 		 289 aa  47.8  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1939  LexA repressor  39.39 
 
 		 201 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269028  normal  0.116637 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  36.07 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  24.38 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  23.66 
 
 		 238 aa  47  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  28.12 
 
 		 269 aa  46.6  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  41.18 
 
 		 164 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  31 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1553  putative phage repressor  33.9 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.559929  normal  0.0333856 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  33.33 
 
 		 150 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4497  peptidase S24 and S26 domain protein  37.35 
 
 		 143 aa  46.6  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0583  bacteriophage repressor protein  35.21 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  30.65 
 
 		 270 aa  45.8  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  24.88 
 
 		 240 aa  45.8  0.0006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  26.43 
 
 		 244 aa  45.4  0.0008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  37.68 
 
 		 202 aa  45.4  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  30 
 
 		 240 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  35.16 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0757  putative phage repressor  31.71 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.361734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  26.77 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0466  peptidase S24  31.71 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  31.75 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4500  putative phage repressor  22.16 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.145923 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  26.73 
 
 		 256 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  32 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  34.69 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  38.03 
 
 		 168 aa  43.5  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2520  LexA repressor  37.36 
 
 		 205 aa  43.5  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0774546  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  38.03 
 
 		 168 aa  43.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>