More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0966 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 304 aa  610  1e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  56.29 
 
 		 292 aa  317  2e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  52.11 
 
 		 310 aa  294  2e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  51.82 
 
 		 304 aa  291  9e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 295 aa  263  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  51.99 
 
 		 295 aa  259  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  51.41 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  50.58 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  50.19 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  48.12 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  43.05 
 
 		 313 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  44.66 
 
 		 306 aa  218  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  48.48 
 
 		 371 aa  218  8.999999999999998e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  44.58 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  46.06 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  45.2 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  45.96 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  43.34 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.28 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  47.48 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  41.55 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.83 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  45.63 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  46.01 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 302 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  42.81 
 
 		 291 aa  198  7.999999999999999e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.09 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  41.8 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.08 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  38.82 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  44.31 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  42.97 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.42 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  41.76 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.98 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  45.5 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  45.04 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  40.46 
 
 		 347 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  36.81 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  41.57 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  46.67 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  41.42 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  42.19 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  43.82 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>