More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0707 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  100 
 
 		 228 aa  474  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  62.84 
 
 		 243 aa  288  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  59.64 
 
 		 248 aa  271  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.36 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 229 aa  251  9.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  56.87 
 
 		 215 aa  248  6e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.56 
 
 		 242 aa  240  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  45.26 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 269 aa  182  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  38.39 
 
 		 233 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.27 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 237 aa  158  6e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  39.07 
 
 		 255 aa  158  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  40.36 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 242 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  37.5 
 
 		 223 aa  141  8e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.65 
 
 		 301 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.6 
 
 		 339 aa  119  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  37.77 
 
 		 362 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  33.78 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.62 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  35.98 
 
 		 299 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 322 aa  116  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  34.85 
 
 		 399 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 327 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 330 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 318 aa  113  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.78 
 
 		 320 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 326 aa  112  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 334 aa  111  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  32.86 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.56 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.61 
 
 		 348 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.05 
 
 		 354 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  32.66 
 
 		 344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.66 
 
 		 344 aa  109  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.47 
 
 		 346 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.98 
 
 		 330 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  32.44 
 
 		 326 aa  108  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.72 
 
 		 368 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.95 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  31.31 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.09 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 264 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.77 
 
 		 352 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.8 
 
 		 436 aa  105  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.74 
 
 		 330 aa  105  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 308 aa  105  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  34.93 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.63 
 
 		 315 aa  105  8e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  32.49 
 
 		 260 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  37.29 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  32.3 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  33.61 
 
 		 405 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.9 
 
 		 350 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  32.41 
 
 		 325 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  33.79 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.33 
 
 		 477 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  32.07 
 
 		 353 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 329 aa  102  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  29.79 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  32.87 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  32.07 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  32.19 
 
 		 316 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.94 
 
 		 326 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.13 
 
 		 322 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 347 aa  102  5e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 339 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.94 
 
 		 326 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.7 
 
 		 323 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.36 
 
 		 346 aa  101  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 		 302 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  101  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  35.45 
 
 		 310 aa  101  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  33.92 
 
 		 328 aa  101  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  31.19 
 
 		 239 aa  101  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.6 
 
 		 329 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.6 
 
 		 329 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  29.86 
 
 		 249 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.48 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>