More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0904 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 303 aa  610  9.999999999999999e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  54.9 
 
 		 331 aa  344  1e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  53.57 
 
 		 342 aa  326  3e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  54.37 
 
 		 333 aa  306  3e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  53.27 
 
 		 341 aa  305  8.000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  52.94 
 
 		 341 aa  305  8.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  52.63 
 
 		 219 aa  202  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  32.61 
 
 		 362 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  34 
 
 		 378 aa  135  7.000000000000001e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.54 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.36 
 
 		 346 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.38 
 
 		 354 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.15 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  26.84 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.89 
 
 		 348 aa  128  9.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  33.62 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  33.09 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  32 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.22 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.52 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  34.36 
 
 		 384 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  29.44 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  33.05 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  30.29 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  32.54 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  32.08 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  32.08 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  29.56 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.44 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  32.59 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  33.04 
 
 		 319 aa  119  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  34.19 
 
 		 376 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  30.69 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  26.38 
 
 		 335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  30.1 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  28.43 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  26.06 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  31.7 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  30.74 
 
 		 340 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  34.73 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  30.04 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.61 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  25.99 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.19 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  30.31 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  33.62 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31136  predicted protein  32.37 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.7 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  29.7 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.12 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  32.35 
 
 		 340 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  28.73 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.89 
 
 		 326 aa  112  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  31.09 
 
 		 449 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  30.16 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  30.83 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  30.83 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  30.83 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.63 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  29.26 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.97 
 
 		 330 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  27.16 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.03 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  29.52 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  31.22 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  31.11 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  29.34 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  29.55 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.03 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  30 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.93 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  30.6 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  32.89 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  29.79 
 
 		 320 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.57 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  29.64 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.96 
 
 		 333 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  29.06 
 
 		 317 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.39 
 
 		 322 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  30.42 
 
 		 315 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  29.88 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.08 
 
 		 321 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  32.4 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  28.57 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  26.62 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  30.38 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  30.38 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  33.47 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  29.17 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  30.8 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.77 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  30.42 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  29.32 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  26.5 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  26.5 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  29.17 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>