152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0397 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0397  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 473 aa  978    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0478  outer membrane efflux protein  94.71 
 
 		 471 aa  920    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1211  hypothetical protein  42.4 
 
 		 476 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000512131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4394  outer membrane efflux protein  44.74 
 
 		 465 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000587559  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4090  outer membrane efflux protein  44.64 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0411  outer membrane efflux protein  44.94 
 
 		 467 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0338477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0477  outer membrane efflux protein  45.22 
 
 		 517 aa  378  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0566  outer membrane efflux protein  43.68 
 
 		 473 aa  378  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3464  outer membrane efflux protein  44.8 
 
 		 489 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0487  outer membrane efflux protein  44.8 
 
 		 489 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3640  outer membrane efflux protein  44.91 
 
 		 489 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003318  outer membrane protein  42.96 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1839  outer membrane efflux protein  41.56 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.594597  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3730  outer membrane efflux protein  43.35 
 
 		 477 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0530  outer membrane efflux protein  44.91 
 
 		 473 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3814  outer membrane efflux protein  44.91 
 
 		 493 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000440013  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0505  outer membrane efflux protein  44.91 
 
 		 489 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0526  outer membrane efflux protein  44.91 
 
 		 489 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00662182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02434  hypothetical protein  42.03 
 
 		 463 aa  365  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3746  outer membrane efflux protein  43.12 
 
 		 463 aa  360  4e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.622366  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0582  outer membrane efflux protein  43.26 
 
 		 464 aa  352  8.999999999999999e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1174  outer membrane efflux protein  31.92 
 
 		 457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.89041 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1027  outer membrane efflux protein  27.21 
 
 		 452 aa  158  2e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4572  outer membrane efflux protein  29.2 
 
 		 483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0605  outer membrane efflux protein  26.22 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1040  outer membrane efflux protein  31.12 
 
 		 583 aa  146  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0654  outer membrane efflux protein  27.81 
 
 		 587 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  26.61 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  23.61 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1440  outer membrane efflux protein  20.24 
 
 		 503 aa  71.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1924  Outer membrane protein  21.58 
 
 		 494 aa  70.9  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0996265 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  24.44 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  27.01 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  25.94 
 
 		 1496 aa  67  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05030  outer membrane efflux protein  21.38 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.691581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  23.32 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  23.25 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4902  outer membrane efflux protein  22.96 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 		 496 aa  63.2  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1015  outer membrane protein  18.12 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.22355e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.8 
 
 		 446 aa  63.2  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0740  outer membrane efflux protein  25.24 
 
 		 445 aa  63.2  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.783995  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1749  outer membrane efflux protein  17.72 
 
 		 458 aa  62.8  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  24.08 
 
 		 433 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  20.43 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  21.01 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  24.48 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  24.22 
 
 		 467 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0309  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0749  outer membrane efflux protein  24.06 
 
 		 490 aa  57.8  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  21.79 
 
 		 515 aa  57.4  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1376  Outer membrane efflux protein  22.62 
 
 		 435 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.109779  hitchhiker  0.00244241 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  21.92 
 
 		 419 aa  56.2  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5578  outer membrane efflux protein  19.57 
 
 		 451 aa  56.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.46516 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.04 
 
 		 453 aa  55.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1390  outer membrane efflux protein  19.95 
 
 		 463 aa  55.5  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0182398  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0120  outer membrane efflux protein  21.02 
 
 		 448 aa  55.8  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000165447  hitchhiker  0.000000000000561163 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  23.08 
 
 		 455 aa  54.7  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0943  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.94 
 
 		 481 aa  54.3  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  26.27 
 
 		 419 aa  54.7  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.19 
 
 		 480 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2479  outer membrane efflux protein  25.42 
 
 		 454 aa  53.5  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  20.17 
 
 		 426 aa  53.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0762  outer membrane efflux protein  22.29 
 
 		 446 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  24.17 
 
 		 462 aa  53.1  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  26.2 
 
 		 472 aa  52.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0814  outer membrane efflux protein  22.02 
 
 		 460 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  32.92 
 
 		 451 aa  51.2  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  19.72 
 
 		 420 aa  51.2  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  21.67 
 
 		 443 aa  51.2  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  19.59 
 
 		 423 aa  51.2  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1600  outer membrane efflux protein  25.87 
 
 		 499 aa  50.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.33 
 
 		 446 aa  50.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000151154  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.58 
 
 		 456 aa  50.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  25.1 
 
 		 438 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  28.9 
 
 		 449 aa  50.8  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  25.97 
 
 		 447 aa  50.8  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2362  outer membrane efflux protein  30.77 
 
 		 446 aa  50.4  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  23.63 
 
 		 423 aa  50.4  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  21.04 
 
 		 479 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2692  outer membrane efflux protein  22.1 
 
 		 442 aa  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.254416 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.51 
 
 		 489 aa  50.4  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1477  outer membrane efflux protein  26.33 
 
 		 454 aa  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.107599  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4447  outer membrane efflux protein  24.07 
 
 		 459 aa  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0455  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 		 463 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0456  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 		 456 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0384  outer membrane efflux protein  21.75 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.895564  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1650  Outer membrane efflux protein  24.15 
 
 		 499 aa  49.7  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0374464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0427  outer membrane efflux protein  23.75 
 
 		 455 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2145  outer membrane efflux protein  19.52 
 
 		 472 aa  50.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192834 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1015  Outer membrane efflux protein  25.72 
 
 		 731 aa  48.9  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2682  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25 
 
 		 451 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.829421  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3378  outer membrane efflux protein  25.15 
 
 		 498 aa  49.3  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0283  outer membrane efflux protein  21.19 
 
 		 439 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4230  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 458 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0431504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1955  outer membrane efflux protein  21.29 
 
 		 476 aa  49.3  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223795  normal  0.557378 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  22.77 
 
 		 427 aa  48.5  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2001  outer membrane efflux protein  24.44 
 
 		 473 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.612283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3129  Outer membrane efflux protein  25 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000215977  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>