More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3853 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 447 aa  889    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3937  outer membrane efflux protein  92.84 
 
 		 447 aa  832    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00157367 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4230  outer membrane efflux protein  50.22 
 
 		 458 aa  419  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0431504  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3129  Outer membrane efflux protein  50.35 
 
 		 446 aa  388  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000215977  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0391  Outer membrane efflux family protein  50.8 
 
 		 437 aa  375  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3468  outer membrane efflux protein  43.71 
 
 		 448 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000163735  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  27.66 
 
 		 453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1749  outer membrane efflux protein  23.14 
 
 		 458 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2001  LipD protein, putative  29.33 
 
 		 445 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.538795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0453  Outer membrane efflux protein  25.45 
 
 		 470 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  24.28 
 
 		 515 aa  117  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0278  outer membrane efflux protein  26.84 
 
 		 441 aa  118  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000626538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0242  outer membrane efflux protein  26.42 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.231209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2350  outer membrane efflux protein  25.76 
 
 		 441 aa  114  5e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  26.1 
 
 		 423 aa  112  9e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1390  outer membrane efflux protein  21.59 
 
 		 463 aa  110  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0182398  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2724  outer membrane efflux protein  25.56 
 
 		 440 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0183  outer membrane efflux protein  25.12 
 
 		 441 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  27.08 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1606  outer membrane efflux protein  25.54 
 
 		 421 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  24.76 
 
 		 421 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  30.13 
 
 		 431 aa  94.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  29.01 
 
 		 431 aa  94.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  26.23 
 
 		 443 aa  93.6  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0122  LipD protein, putative  23.46 
 
 		 413 aa  92.4  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  22.67 
 
 		 420 aa  91.3  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  23.57 
 
 		 467 aa  90.5  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2368  outer membrane efflux protein  26.56 
 
 		 473 aa  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0254327  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2001  outer membrane efflux protein  26.56 
 
 		 473 aa  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.612283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2799  outer membrane efflux protein  27.19 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000194078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  26.16 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  24.82 
 
 		 441 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  26.23 
 
 		 453 aa  87.4  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  24.75 
 
 		 635 aa  85.9  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 523 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4162  outer membrane efflux protein  22.65 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000533026  normal  0.288124 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  23.43 
 
 		 483 aa  82  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1376  Outer membrane efflux protein  23.25 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.109779  hitchhiker  0.00244241 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  26.42 
 
 		 449 aa  78.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0605  outer membrane efflux protein  26.95 
 
 		 470 aa  79  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0120  outer membrane efflux protein  23.18 
 
 		 448 aa  78.2  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000165447  hitchhiker  0.000000000000561163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  25.18 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1698  outer membrane efflux protein  29.94 
 
 		 433 aa  77.4  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.572085  normal  0.0641673 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2633  outer membrane efflux protein  22.85 
 
 		 424 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3378  outer membrane efflux protein  24.57 
 
 		 498 aa  77  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  26.46 
 
 		 436 aa  76.3  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3627  outer membrane efflux protein  23.2 
 
 		 461 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.433273  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1690  outer membrane efflux protein  31.23 
 
 		 448 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  25.82 
 
 		 470 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05030  outer membrane efflux protein  21.43 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.691581  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3298  outer membrane efflux protein  22.27 
 
 		 418 aa  75.1  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000531453  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  28.26 
 
 		 491 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0849  outer membrane efflux protein  21.96 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000450472  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3626  outer membrane efflux protein  24.22 
 
 		 627 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0887926  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4051  outer membrane efflux protein  30.03 
 
 		 446 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.337744  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1773  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 		 435 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  27.69 
 
 		 501 aa  70.9  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4084  outer membrane efflux protein  30.03 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0066  outer membrane efflux protein  23.91 
 
 		 436 aa  70.9  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3941  outer membrane efflux protein  30.77 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  22.98 
 
 		 462 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1015  Outer membrane efflux protein  25.78 
 
 		 731 aa  70.1  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0283  outer membrane efflux protein  22.94 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.8 
 
 		 495 aa  70.1  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  23.06 
 
 		 500 aa  69.7  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  22.68 
 
 		 463 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.18 
 
 		 450 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  24.01 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  25.39 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1482  outer membrane efflux protein  23.04 
 
 		 471 aa  68.2  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.387043 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1380  outer membrane efflux protein  21.33 
 
 		 425 aa  67.8  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  26.73 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.81 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2365  outer membrane efflux protein  23.62 
 
 		 482 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.316372 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.47 
 
 		 455 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.99 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.99 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000668163 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.33 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.9 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.84 
 
 		 450 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.15 
 
 		 452 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  23.62 
 
 		 738 aa  66.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  27.67 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1924  Outer membrane protein  22 
 
 		 494 aa  65.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0996265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.05 
 
 		 445 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0477  outer membrane efflux protein  27.38 
 
 		 517 aa  65.1  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1633  outer membrane efflux protein  23.48 
 
 		 470 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.788464  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0071  outer membrane efflux protein  23.2 
 
 		 441 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0761  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.84 
 
 		 491 aa  64.7  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  20.68 
 
 		 427 aa  64.7  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.95 
 
 		 451 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  27.08 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4505  outer membrane efflux protein  22.12 
 
 		 972 aa  63.9  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.300614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.88 
 
 		 450 aa  63.5  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6770  outer membrane efflux protein  23.3 
 
 		 488 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  23.06 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2021  outer membrane efflux protein  23.02 
 
 		 437 aa  63.2  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2819  outer membrane efflux protein  21.88 
 
 		 438 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4902  outer membrane efflux protein  24.06 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  24.48 
 
 		 496 aa  62.8  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>