More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00407 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  100 
 
 		 451 aa  865    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4684  outer membrane efflux protein  82.44 
 
 		 448 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.307779 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3607  outer membrane efflux protein  82.44 
 
 		 448 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3802  Outer membrane efflux protein  48.05 
 
 		 465 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4120  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmyC  47.01 
 
 		 460 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  50.65 
 
 		 420 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  43.75 
 
 		 433 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0150  Outer membrane efflux protein  39.32 
 
 		 415 aa  245  9e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.921658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  40.93 
 
 		 485 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1111  Outer membrane efflux protein  39.9 
 
 		 492 aa  217  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.33067  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  27.5 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  28.23 
 
 		 431 aa  98.2  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  26.18 
 
 		 451 aa  97.4  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  28.97 
 
 		 415 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  28.5 
 
 		 438 aa  97.4  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  26.1 
 
 		 423 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  26.1 
 
 		 423 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  26.1 
 
 		 423 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  27.27 
 
 		 458 aa  96.3  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  26.1 
 
 		 394 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  27.23 
 
 		 440 aa  94.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  24.43 
 
 		 421 aa  94.7  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  25.62 
 
 		 431 aa  94.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  26.78 
 
 		 437 aa  93.2  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  24.81 
 
 		 418 aa  92.8  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  24.81 
 
 		 418 aa  92.8  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  26.49 
 
 		 479 aa  92  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  28.68 
 
 		 408 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  28.42 
 
 		 443 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  27.3 
 
 		 416 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  25.79 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  27.07 
 
 		 425 aa  85.5  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 437 aa  81.6  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  28.12 
 
 		 443 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  26.29 
 
 		 437 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  28.12 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  28.12 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  28.12 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  28.12 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  28.12 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  26.3 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  27.74 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  27.06 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  27.85 
 
 		 443 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  25.93 
 
 		 432 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  24.94 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  25.77 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  25.77 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  26.6 
 
 		 428 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  26.09 
 
 		 428 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  23.57 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0829  outer membrane protein; cation efflux protein  19.19 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0447  outer membrane efflux protein  25.13 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.109934 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  26.87 
 
 		 408 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  25.64 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  29.41 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  27.13 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1525  outer membrane efflux protein  29.23 
 
 		 442 aa  73.2  0.000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000580745  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 		 477 aa  73.2  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3507  Outer membrane efflux protein  24.46 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  29.06 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.82 
 
 		 480 aa  72.4  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  26.85 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7201  outer membrane efflux protein  23.18 
 
 		 418 aa  72  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2254  Outer membrane efflux protein  27.3 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  25.64 
 
 		 462 aa  70.5  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  30.79 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1541  Outer membrane efflux protein  24.88 
 
 		 486 aa  70.1  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  27.61 
 
 		 471 aa  70.1  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  27.74 
 
 		 464 aa  70.1  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.74 
 
 		 478 aa  69.3  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  29.15 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  27.74 
 
 		 425 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  27.95 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4293  outer membrane efflux protein  20.36 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.730588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  26.91 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1293  outer membrane efflux protein  25.25 
 
 		 442 aa  67.4  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.803504 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  29.18 
 
 		 433 aa  67  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1582  outer membrane efflux protein  28.38 
 
 		 418 aa  66.6  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0904474  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2263  Outer membrane efflux protein  25.68 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0773  outer membrane efflux protein  19.75 
 
 		 387 aa  66.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00492916  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4485  outer membrane efflux protein  21.13 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2551  outer membrane efflux protein  23.31 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000963739  normal  0.205494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2705  outer membrane efflux protein  25.32 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0425807  normal  0.885603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2185  outer membrane efflux protein  26.45 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.685797  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.69 
 
 		 493 aa  64.3  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  31.79 
 
 		 437 aa  64.3  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  24.47 
 
 		 523 aa  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1768  outer membrane heavy metal efflux protein, putative  27.75 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.481614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.7 
 
 		 463 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0017  outer membrane efflux protein  25.62 
 
 		 473 aa  62.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6754  outer membrane efflux protein  23.21 
 
 		 449 aa  62.8  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.406805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  26.93 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1481  outer membrane efflux protein  24.75 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.103233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.58 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.94 
 
 		 455 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2733  outer membrane efflux protein  18.33 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0378376  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  26.52 
 
 		 474 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2692  outer membrane efflux protein  28.09 
 
 		 442 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.254416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  23.83 
 
 		 453 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>