More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2042 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  94 
 
 		 425 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  94.09 
 
 		 464 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 417 aa  813    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  67.81 
 
 		 423 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  67.81 
 
 		 423 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  67.81 
 
 		 423 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  69.25 
 
 		 394 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  66.34 
 
 		 408 aa  504  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  66.09 
 
 		 408 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  62.76 
 
 		 415 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  54.77 
 
 		 416 aa  391  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  49.17 
 
 		 428 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  48.22 
 
 		 428 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  45.41 
 
 		 438 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  42.06 
 
 		 426 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  39.37 
 
 		 418 aa  236  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  43.37 
 
 		 425 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  39.11 
 
 		 418 aa  233  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  39.74 
 
 		 421 aa  231  1e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  41.22 
 
 		 451 aa  224  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  39.27 
 
 		 440 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  39.89 
 
 		 431 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  40.05 
 
 		 433 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  36.86 
 
 		 458 aa  209  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  40.97 
 
 		 441 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  37.4 
 
 		 443 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  36.72 
 
 		 472 aa  206  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  39.74 
 
 		 435 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  39.9 
 
 		 439 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  39.9 
 
 		 439 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  34.72 
 
 		 471 aa  204  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  39.84 
 
 		 437 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  40.44 
 
 		 442 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  38.04 
 
 		 443 aa  199  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 443 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 443 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  38.81 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 452 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  38.81 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  40.21 
 
 		 444 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  36.49 
 
 		 436 aa  183  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  31.36 
 
 		 424 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  32.52 
 
 		 423 aa  152  8e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  33 
 
 		 438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  31.89 
 
 		 422 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  33.41 
 
 		 425 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  33.67 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  31.14 
 
 		 424 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  30.1 
 
 		 423 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  29.33 
 
 		 423 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  30.02 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  31.16 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  31.81 
 
 		 423 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  29.85 
 
 		 423 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  28.57 
 
 		 437 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  32.73 
 
 		 433 aa  122  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  31.3 
 
 		 407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3507  Outer membrane efflux protein  29.16 
 
 		 435 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  29.79 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  28.12 
 
 		 432 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  28.78 
 
 		 433 aa  113  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  27.43 
 
 		 432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  31.84 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  26.02 
 
 		 414 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  26.98 
 
 		 446 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  28.47 
 
 		 432 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  25.19 
 
 		 449 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  33.24 
 
 		 435 aa  103  8e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  31.64 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  26.95 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  23.76 
 
 		 416 aa  100  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  30.59 
 
 		 437 aa  100  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  29.84 
 
 		 434 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  28.61 
 
 		 437 aa  100  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  28.86 
 
 		 485 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  25.76 
 
 		 448 aa  100  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  27.51 
 
 		 453 aa  97.4  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  26.96 
 
 		 415 aa  96.7  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  25.3 
 
 		 437 aa  96.3  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  27.63 
 
 		 432 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  32.44 
 
 		 400 aa  94.4  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2075  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  25.55 
 
 		 437 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2065  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  25.55 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  27.82 
 
 		 413 aa  92  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  24.88 
 
 		 474 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  33.24 
 
 		 423 aa  90.9  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  27.94 
 
 		 420 aa  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2254  Outer membrane efflux protein  29.11 
 
 		 436 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0276  outer membrane efflux protein  28.74 
 
 		 449 aa  88.2  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0967709  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0017  outer membrane efflux protein  26.37 
 
 		 473 aa  87  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  24.38 
 
 		 444 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  29.02 
 
 		 428 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  32.11 
 
 		 409 aa  85.1  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5400  outer membrane efflux protein  33.1 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0772872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3607  outer membrane efflux protein  29.95 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  29.26 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4684  outer membrane efflux protein  29.95 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.307779 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  24.34 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>