237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2609 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  100 
 
 
425 aa  798    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5400  outer membrane efflux protein  77.17 
 
 
355 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0772872  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  65.96 
 
 
423 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  62.56 
 
 
433 aa  374  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  35.41 
 
 
435 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  33.5 
 
 
415 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  37.88 
 
 
400 aa  134  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  36.42 
 
 
420 aa  133  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  32.34 
 
 
426 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  35.35 
 
 
440 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  30.61 
 
 
443 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  37.92 
 
 
409 aa  120  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  32.28 
 
 
461 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  32.28 
 
 
443 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  32.28 
 
 
461 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  32.28 
 
 
461 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  32.28 
 
 
461 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  32.28 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  33.33 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  28.68 
 
 
422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  32.19 
 
 
408 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  31.61 
 
 
443 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  33.33 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  30.95 
 
 
443 aa  117  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  35.29 
 
 
437 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  29.77 
 
 
423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  29.77 
 
 
423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  30.59 
 
 
458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  29.77 
 
 
423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  29.86 
 
 
472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  29.77 
 
 
394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  35.04 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  35.04 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  31.19 
 
 
428 aa  114  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  28.64 
 
 
424 aa  114  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  30.92 
 
 
418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  30.92 
 
 
418 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  32.57 
 
 
408 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  36.18 
 
 
442 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  31.54 
 
 
428 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  28.91 
 
 
471 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  30.12 
 
 
423 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  31.96 
 
 
417 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  33.09 
 
 
464 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  31.78 
 
 
431 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  32.85 
 
 
425 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  34.19 
 
 
435 aa  107  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  30.37 
 
 
421 aa  107  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  30.56 
 
 
438 aa  106  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  28.45 
 
 
451 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  30.26 
 
 
423 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  30.69 
 
 
416 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  31.09 
 
 
407 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  30.55 
 
 
438 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  33.77 
 
 
436 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  31.22 
 
 
423 aa  100  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  29.81 
 
 
423 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  31.28 
 
 
425 aa  100  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  31.52 
 
 
423 aa  99.8  8e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  32.41 
 
 
422 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  31.04 
 
 
428 aa  98.6  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3956  outer membrane efflux protein  31.62 
 
 
417 aa  97.8  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  33.78 
 
 
437 aa  98.2  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  28.84 
 
 
416 aa  97.8  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2803  outer membrane efflux protein  30.95 
 
 
412 aa  97.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.887689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  30.75 
 
 
433 aa  97.1  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1970  outer membrane efflux protein  25.46 
 
 
414 aa  96.7  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  33.16 
 
 
441 aa  95.1  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  29.08 
 
 
425 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0227  outer membrane efflux protein  25.12 
 
 
414 aa  94  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  27.15 
 
 
437 aa  93.2  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02027  putative RND efflux system protein  26.8 
 
 
413 aa  92.8  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  28.16 
 
 
423 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  30.53 
 
 
446 aa  92  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  25.39 
 
 
431 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  28.16 
 
 
432 aa  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  28.82 
 
 
474 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  25 
 
 
444 aa  86.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  23.92 
 
 
453 aa  86.3  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  30.34 
 
 
424 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  31.44 
 
 
444 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  27.59 
 
 
448 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  25.24 
 
 
415 aa  82.8  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1176  Outer membrane efflux protein  30.52 
 
 
429 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  25.45 
 
 
432 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4386  outer membrane efflux protein  25.79 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.438421 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  26.44 
 
 
479 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  24.15 
 
 
449 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  28.9 
 
 
451 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  26.26 
 
 
414 aa  79  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2029  outer membrane efflux protein  25.42 
 
 
422 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.769975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  25.83 
 
 
426 aa  78.2  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  27.06 
 
 
434 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4120  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin HmyC  27.87 
 
 
460 aa  76.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3997  outer membrane efflux protein  24.79 
 
 
427 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  30.05 
 
 
485 aa  73.6  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.27 
 
 
504 aa  73.2  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6208  outer membrane efflux protein  29.59 
 
 
418 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0447  outer membrane efflux protein  24.94 
 
 
438 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.109934 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00307  Outer membrane efflux protein  25 
 
 
400 aa  70.1  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>