157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1958 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  100 
 
 		 422 aa  840    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1970  outer membrane efflux protein  47.15 
 
 		 414 aa  362  8e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0227  outer membrane efflux protein  46.37 
 
 		 414 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  42.28 
 
 		 446 aa  299  5e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  40.38 
 
 		 449 aa  297  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  42.93 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  37.74 
 
 		 444 aa  273  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  38.24 
 
 		 474 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  36.92 
 
 		 426 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02027  putative RND efflux system protein  32.11 
 
 		 413 aa  225  9e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2029  outer membrane efflux protein  34.07 
 
 		 422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.769975  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08520  Outer membrane efflux protein  34.51 
 
 		 424 aa  172  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504267  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2356  RND OM export protein  30.15 
 
 		 421 aa  149  7e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  29.47 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2097  Outer membrane efflux protein  29.97 
 
 		 435 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.771655  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  27.75 
 
 		 428 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  29.78 
 
 		 453 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00307  Outer membrane efflux protein  27.16 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  29.21 
 
 		 438 aa  130  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  28.27 
 
 		 448 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  27.75 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  26.88 
 
 		 472 aa  124  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4386  outer membrane efflux protein  25.12 
 
 		 427 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.438421 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  25.59 
 
 		 421 aa  123  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  27.84 
 
 		 471 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  31.39 
 
 		 423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3997  outer membrane efflux protein  23.6 
 
 		 427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  26.83 
 
 		 424 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  27.71 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  27.08 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  28.83 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  27.89 
 
 		 423 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  29.55 
 
 		 428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  27.4 
 
 		 423 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  27.91 
 
 		 423 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  28.4 
 
 		 425 aa  107  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  29.46 
 
 		 407 aa  106  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  27.32 
 
 		 424 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  26.13 
 
 		 423 aa  102  9e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  28.64 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  27.34 
 
 		 433 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  27.35 
 
 		 438 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  26.63 
 
 		 458 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  28.65 
 
 		 426 aa  97.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  28.88 
 
 		 435 aa  96.3  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  24.59 
 
 		 415 aa  94  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  29.31 
 
 		 409 aa  93.2  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  26.96 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  27.7 
 
 		 425 aa  92.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  23.49 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  28.12 
 
 		 420 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  26.68 
 
 		 433 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  25.49 
 
 		 408 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  29.24 
 
 		 442 aa  90.9  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  25.13 
 
 		 451 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  27.59 
 
 		 444 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  23.69 
 
 		 394 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  26.16 
 
 		 418 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  27.59 
 
 		 432 aa  87.4  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  25.83 
 
 		 418 aa  86.3  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  25.06 
 
 		 432 aa  86.3  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  23.53 
 
 		 416 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  27.38 
 
 		 432 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5400  outer membrane efflux protein  28.63 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0772872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  27.87 
 
 		 431 aa  84  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  27.23 
 
 		 464 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  25.14 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  25.91 
 
 		 443 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  26.88 
 
 		 440 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  27.25 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  27.94 
 
 		 437 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  25.61 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  25.61 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  25.61 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  26.8 
 
 		 417 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  25.61 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  25.61 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  25.61 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  27.44 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  27.05 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  27.68 
 
 		 439 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  27.68 
 
 		 439 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  25.13 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  26.68 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  27.4 
 
 		 436 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2803  outer membrane efflux protein  29.57 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.887689  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  24.69 
 
 		 437 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0364  outer membrane channel protein  27.67 
 
 		 500 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  25.34 
 
 		 443 aa  72  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3956  outer membrane efflux protein  29.53 
 
 		 417 aa  69.7  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1176  Outer membrane efflux protein  27.52 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2478  Outer membrane efflux protein  23.96 
 
 		 416 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  25.46 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  25.86 
 
 		 434 aa  62  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1335  CzcC family heavy metal RND efflux outer membrane protein  25.88 
 
 		 429 aa  61.2  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  26.3 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  24.74 
 
 		 431 aa  57.4  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  25.07 
 
 		 451 aa  57  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>