133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0566 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4090  outer membrane efflux protein  74.53 
 
 
473 aa  710    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3464  outer membrane efflux protein  76.43 
 
 
489 aa  702    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0487  outer membrane efflux protein  76.43 
 
 
489 aa  702    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3730  outer membrane efflux protein  72.31 
 
 
477 aa  654    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3640  outer membrane efflux protein  77.18 
 
 
489 aa  700    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3814  outer membrane efflux protein  74.39 
 
 
493 aa  688    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000440013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0411  outer membrane efflux protein  77.24 
 
 
467 aa  724    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0338477  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0505  outer membrane efflux protein  74.34 
 
 
489 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0566  outer membrane efflux protein  100 
 
 
473 aa  959    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3746  outer membrane efflux protein  81.49 
 
 
463 aa  745    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.622366  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0526  outer membrane efflux protein  74.56 
 
 
489 aa  687    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00662182  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4394  outer membrane efflux protein  76.37 
 
 
465 aa  711    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000587559  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0530  outer membrane efflux protein  74.56 
 
 
473 aa  686    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0582  outer membrane efflux protein  67.16 
 
 
464 aa  631  1e-180  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0477  outer membrane efflux protein  66.44 
 
 
517 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0397  outer membrane efflux protein  43.68 
 
 
473 aa  378  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0478  outer membrane efflux protein  44.42 
 
 
471 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1839  outer membrane efflux protein  44.5 
 
 
466 aa  356  5e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.594597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1211  hypothetical protein  40.79 
 
 
476 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000512131  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003318  outer membrane protein  41.1 
 
 
471 aa  317  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02434  hypothetical protein  40.69 
 
 
463 aa  317  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1027  outer membrane efflux protein  28.21 
 
 
452 aa  190  5.999999999999999e-47  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0605  outer membrane efflux protein  27.43 
 
 
470 aa  165  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1174  outer membrane efflux protein  29.71 
 
 
457 aa  157  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.89041 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0654  outer membrane efflux protein  28.23 
 
 
587 aa  152  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1040  outer membrane efflux protein  31.38 
 
 
583 aa  150  5e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4572  outer membrane efflux protein  28.8 
 
 
483 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345417  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  25.88 
 
 
491 aa  105  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  27.25 
 
 
431 aa  94.4  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05030  outer membrane efflux protein  23.16 
 
 
471 aa  94  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.691581  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  27.56 
 
 
431 aa  83.6  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  25.93 
 
 
497 aa  83.2  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1440  outer membrane efflux protein  23.9 
 
 
503 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  26.5 
 
 
438 aa  82  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  23.47 
 
 
441 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  25.48 
 
 
501 aa  79  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1015  outer membrane protein  20.14 
 
 
488 aa  79  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.22355e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1376  Outer membrane efflux protein  23.15 
 
 
435 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.109779  hitchhiker  0.00244241 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1749  outer membrane efflux protein  19.29 
 
 
458 aa  70.9  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  24.77 
 
 
419 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  26.01 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0427  outer membrane efflux protein  21.75 
 
 
455 aa  66.6  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  23.95 
 
 
471 aa  66.6  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1353  outer membrane efflux protein  20.72 
 
 
451 aa  66.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.678572  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  21.48 
 
 
441 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  24.35 
 
 
1496 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4902  outer membrane efflux protein  20.9 
 
 
439 aa  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1380  outer membrane efflux protein  22.41 
 
 
425 aa  64.3  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  20.84 
 
 
427 aa  63.9  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0455  outer membrane efflux protein  22.28 
 
 
463 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0456  outer membrane efflux protein  22.28 
 
 
456 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  23.3 
 
 
515 aa  63.5  0.000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  20.95 
 
 
426 aa  63.2  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  24.53 
 
 
419 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  24.49 
 
 
447 aa  61.6  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1390  outer membrane efflux protein  21.84 
 
 
463 aa  61.6  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0182398  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  25.23 
 
 
419 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3937  outer membrane efflux protein  25.35 
 
 
447 aa  61.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00157367 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1606  outer membrane efflux protein  25.16 
 
 
421 aa  61.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  22.27 
 
 
470 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.45 
 
 
428 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  25.08 
 
 
423 aa  61.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  26.49 
 
 
462 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2298  outer membrane efflux protein  23.11 
 
 
525 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  23.8 
 
 
449 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  26.76 
 
 
444 aa  60.5  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  24.58 
 
 
420 aa  60.5  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  25.16 
 
 
421 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  22.52 
 
 
463 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  23.55 
 
 
455 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0242  outer membrane efflux protein  23.08 
 
 
444 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.231209  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  21.39 
 
 
467 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  23.08 
 
 
453 aa  57.4  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4447  outer membrane efflux protein  22.69 
 
 
459 aa  57.4  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0559  outer membrane efflux protein  21.63 
 
 
455 aa  57  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0309  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 
458 aa  56.6  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  25.09 
 
 
523 aa  56.6  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2633  outer membrane efflux protein  21.43 
 
 
424 aa  56.2  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0849  outer membrane efflux protein  22.26 
 
 
417 aa  56.6  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000450472  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2001  LipD protein, putative  21.69 
 
 
445 aa  55.5  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.538795  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  23.77 
 
 
428 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2145  outer membrane efflux protein  20.24 
 
 
472 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0192834 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  21.12 
 
 
463 aa  54.7  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4130  outer membrane efflux protein  23.38 
 
 
516 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2479  outer membrane efflux protein  25.06 
 
 
454 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  22.46 
 
 
433 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  20.99 
 
 
483 aa  53.9  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  19.06 
 
 
443 aa  53.5  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  25.72 
 
 
451 aa  53.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  21.46 
 
 
496 aa  52.8  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1477  outer membrane efflux protein  26.32 
 
 
454 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.107599  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0278  outer membrane efflux protein  20.82 
 
 
441 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000626538  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  26.24 
 
 
431 aa  51.6  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0453  Outer membrane efflux protein  23.38 
 
 
470 aa  50.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0762  outer membrane efflux protein  20.29 
 
 
446 aa  50.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1967  outer membrane efflux protein  22.79 
 
 
443 aa  50.8  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000399706  normal  0.35271 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1924  Outer membrane protein  20.43 
 
 
494 aa  50.1  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0996265 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01970  outer membrane efflux protein, putative  26.35 
 
 
456 aa  49.7  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.154405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  22.44 
 
 
501 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0071  outer membrane efflux protein  21.08 
 
 
441 aa  49.3  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>