126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1253 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  100 
 
 		 597 aa  1209    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  52.7 
 
 		 575 aa  532  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  39.09 
 
 		 564 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  34.03 
 
 		 563 aa  249  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.03 
 
 		 561 aa  249  1e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  33.96 
 
 		 612 aa  248  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  52.03 
 
 		 572 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  33.73 
 
 		 547 aa  236  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.75 
 
 		 565 aa  227  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  32.33 
 
 		 576 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  31.67 
 
 		 616 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  32.42 
 
 		 577 aa  221  3e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  31.76 
 
 		 633 aa  219  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  30.56 
 
 		 557 aa  208  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  31.4 
 
 		 589 aa  205  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.69 
 
 		 584 aa  204  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  30.99 
 
 		 611 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  30.36 
 
 		 590 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  30.54 
 
 		 565 aa  201  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  30.76 
 
 		 571 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 585 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 		 578 aa  174  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  29.95 
 
 		 561 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  27.42 
 
 		 557 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  25.58 
 
 		 469 aa  162  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  29.8 
 
 		 575 aa  160  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  32.05 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  38.34 
 
 		 538 aa  141  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  43.14 
 
 		 471 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  23.17 
 
 		 556 aa  130  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  42.41 
 
 		 420 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.5 
 
 		 528 aa  128  4.0000000000000003e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.31 
 
 		 459 aa  123  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  37.08 
 
 		 429 aa  122  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  38.42 
 
 		 846 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  41.83 
 
 		 364 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  33.48 
 
 		 396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  34 
 
 		 390 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  26.91 
 
 		 587 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  35.75 
 
 		 412 aa  107  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  73.61 
 
 		 86 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  30.33 
 
 		 532 aa  101  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 425 aa  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  25.12 
 
 		 444 aa  99.8  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  33.85 
 
 		 463 aa  97.8  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.39 
 
 		 492 aa  96.7  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.87 
 
 		 444 aa  93.2  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  31.09 
 
 		 487 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  23.04 
 
 		 501 aa  85.1  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.92 
 
 		 495 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  32.5 
 
 		 649 aa  80.5  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.38 
 
 		 429 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25.37 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  38.35 
 
 		 398 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.26 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  32.34 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  30.06 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  34.64 
 
 		 549 aa  74.7  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  24.82 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.5 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  34.91 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.71 
 
 		 401 aa  68.2  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.64 
 
 		 495 aa  64.7  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.92 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  37.23 
 
 		 430 aa  62.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 		 420 aa  62.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  21.59 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 520 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  39.44 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  29.6 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.11 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.37 
 
 		 401 aa  57  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.8 
 
 		 493 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.12 
 
 		 373 aa  55.1  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 547 aa  54.3  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 		 400 aa  53.9  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.07 
 
 		 464 aa  53.5  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.71 
 
 		 419 aa  53.5  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  29.13 
 
 		 162 aa  52.4  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  26.99 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.74 
 
 		 384 aa  53.1  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  48.15 
 
 		 58 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.44 
 
 		 456 aa  52.8  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  27.7 
 
 		 393 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  25.48 
 
 		 453 aa  51.6  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.59 
 
 		 514 aa  51.6  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  28.12 
 
 		 453 aa  51.2  0.00005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  25.99 
 
 		 236 aa  50.8  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  25.26 
 
 		 448 aa  50.4  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  59.18 
 
 		 460 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  56.82 
 
 		 595 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.75 
 
 		 490 aa  50.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  28.77 
 
 		 438 aa  49.7  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  27.67 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  22.12 
 
 		 511 aa  48.9  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>