More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1037 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 
588 aa  1197  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  49.33 
 
 
601 aa  585  1e-166  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  47.7 
 
 
590 aa  557  1e-157  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  44.87 
 
 
603 aa  541  1e-152  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  43.78 
 
 
584 aa  520  1e-146  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  42.76 
 
 
584 aa  516  1e-145  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  43.93 
 
 
583 aa  516  1e-145  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  43.15 
 
 
601 aa  512  1e-144  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  42.25 
 
 
584 aa  512  1e-144  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  41.4 
 
 
598 aa  493  1e-138  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.18 
 
 
582 aa  431  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.63 
 
 
583 aa  421  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  38.48 
 
 
549 aa  379  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  39.03 
 
 
803 aa  371  1e-101  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  36.77 
 
 
719 aa  359  7e-98  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  33.79 
 
 
932 aa  320  7e-86  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.24 
 
 
550 aa  317  5e-85  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  35.19 
 
 
568 aa  314  2e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.77 
 
 
567 aa  310  4e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  31.52 
 
 
651 aa  306  7e-82  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  33.61 
 
 
664 aa  305  1e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  33.39 
 
 
547 aa  303  7e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.59 
 
 
556 aa  296  9e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.69 
 
 
562 aa  286  8e-76  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.65 
 
 
552 aa  279  1e-73  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  31.33 
 
 
546 aa  279  1e-73  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.6 
 
 
553 aa  263  7e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.67 
 
 
548 aa  263  7e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.51 
 
 
573 aa  255  1e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.44 
 
 
573 aa  254  3e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.05 
 
 
573 aa  254  3e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.04 
 
 
592 aa  253  9e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.89 
 
 
573 aa  248  3e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  27.14 
 
 
944 aa  236  1e-60  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.62 
 
 
531 aa  231  3e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.19 
 
 
610 aa  223  7e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.59 
 
 
594 aa  220  6e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.42 
 
 
513 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.42 
 
 
513 aa  215  2e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  27.71 
 
 
816 aa  212  2e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 
513 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  25.98 
 
 
511 aa  183  8e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.57 
 
 
509 aa  182  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  28.9 
 
 
508 aa  180  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  30.06 
 
 
527 aa  175  2e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.72 
 
 
510 aa  174  3e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  27.26 
 
 
507 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.84866e-07 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.93 
 
 
576 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  27.92 
 
 
534 aa  163  7e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 
520 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 
520 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 
520 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.87 
 
 
592 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.77 
 
 
539 aa  153  9e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  28.69 
 
 
507 aa  150  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.35 
 
 
506 aa  147  4e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  28.35 
 
 
537 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  26.75 
 
 
1009 aa  146  8e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.11 
 
 
522 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  29.64 
 
 
519 aa  144  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  28.5 
 
 
517 aa  137  8e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  30.41 
 
 
337 aa  136  1e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  31.94 
 
 
509 aa  134  4e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  26.2 
 
 
512 aa  134  4e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.07 
 
 
1017 aa  134  6e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  27.62 
 
 
503 aa  132  2e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  28.88 
 
 
550 aa  127  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  31.96 
 
 
847 aa  125  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  30.27 
 
 
442 aa  122  1e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  24.32 
 
 
558 aa  122  1e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  28.99 
 
 
436 aa  123  1e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  27.31 
 
 
537 aa  120  5e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.17 
 
 
531 aa  120  1e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  24.25 
 
 
535 aa  119  1e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.5537e-05 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  25.35 
 
 
541 aa  119  2e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00930  DNA ligase (ATP), putative  26.32 
 
 
1065 aa  118  3e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.64 
 
 
321 aa  118  4e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  25.17 
 
 
541 aa  117  8e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  25.7 
 
 
532 aa  116  1e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  23.99 
 
 
558 aa  116  1e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  24.4 
 
 
552 aa  115  2e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.58 
 
 
495 aa  115  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26493  predicted protein  23.17 
 
 
994 aa  114  4e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.164071 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 
831 aa  114  7e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  27.42 
 
 
539 aa  113  1e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  24.13 
 
 
532 aa  112  1e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  26.05 
 
 
539 aa  112  2e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  28.1 
 
 
522 aa  112  2e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  23.44 
 
 
561 aa  112  2e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  26.48 
 
 
514 aa  112  2e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  25.75 
 
 
536 aa  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  27.98 
 
 
630 aa  111  4e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  25.04 
 
 
546 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  23.65 
 
 
533 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  29.51 
 
 
648 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  24.16 
 
 
545 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  24.72 
 
 
538 aa  108  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  25.04 
 
 
546 aa  108  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  30.07 
 
 
329 aa  107  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  30.07 
 
 
329 aa  107  8e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>