More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2841 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  49.79 
 
 		 722 aa  657    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  60 
 
 		 736 aa  864    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  54.42 
 
 		 728 aa  753    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  71.59 
 
 		 728 aa  1055    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  48.84 
 
 		 741 aa  639    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  63.31 
 
 		 733 aa  926    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  57.54 
 
 		 727 aa  847    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  50.97 
 
 		 738 aa  714    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  50.49 
 
 		 739 aa  707    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  57.22 
 
 		 731 aa  810    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  55.73 
 
 		 738 aa  801    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  56.78 
 
 		 728 aa  820    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  49.1 
 
 		 731 aa  645    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  74.48 
 
 		 731 aa  1099    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  65.06 
 
 		 744 aa  969    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  63.74 
 
 		 750 aa  944    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  74.9 
 
 		 731 aa  1103    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  46.99 
 
 		 710 aa  647    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  62.85 
 
 		 735 aa  906    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  100 
 
 		 733 aa  1489    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  56.94 
 
 		 726 aa  810    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  62.67 
 
 		 727 aa  932    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  57.24 
 
 		 737 aa  835    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  46.75 
 
 		 732 aa  638    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  48.36 
 
 		 732 aa  641    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  62.62 
 
 		 733 aa  921    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  58.03 
 
 		 728 aa  834    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  57.58 
 
 		 728 aa  855    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  52.89 
 
 		 731 aa  790    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  52.45 
 
 		 728 aa  746    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  53.35 
 
 		 719 aa  703    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  55.49 
 
 		 740 aa  802    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  49.72 
 
 		 728 aa  642    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  51.17 
 
 		 742 aa  645    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  48.1 
 
 		 736 aa  627  1e-178  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  48.84 
 
 		 742 aa  621  1e-176  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  44.61 
 
 		 747 aa  617  1e-175  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  46.12 
 
 		 749 aa  615  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  46.96 
 
 		 744 aa  608  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  46.22 
 
 		 746 aa  609  1e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  46.84 
 
 		 762 aa  611  1e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  47.63 
 
 		 742 aa  606  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  47.89 
 
 		 750 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  43.75 
 
 		 740 aa  598  1e-169  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  48.07 
 
 		 725 aa  593  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  45.45 
 
 		 738 aa  592  1e-168  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  46.88 
 
 		 754 aa  594  1e-168  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  46.89 
 
 		 739 aa  591  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  46.06 
 
 		 768 aa  588  1e-167  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  43.53 
 
 		 749 aa  584  1.0000000000000001e-165  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  44.75 
 
 		 735 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  44.14 
 
 		 726 aa  556  1e-157  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  44.54 
 
 		 724 aa  555  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  40.63 
 
 		 746 aa  543  1e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  43.18 
 
 		 728 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  45.22 
 
 		 724 aa  535  1e-150  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  41.84 
 
 		 742 aa  526  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  40.08 
 
 		 744 aa  522  1e-147  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  41.02 
 
 		 744 aa  523  1e-147  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  41.88 
 
 		 736 aa  519  1e-146  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  40.35 
 
 		 744 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  38.64 
 
 		 871 aa  503  1e-141  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  39.28 
 
 		 741 aa  498  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  39.92 
 
 		 719 aa  495  1e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  42.68 
 
 		 715 aa  484  1e-135  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  39.86 
 
 		 740 aa  453  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  36.59 
 
 		 719 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  38.95 
 
 		 688 aa  431  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  40.96 
 
 		 720 aa  432  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  37.68 
 
 		 786 aa  414  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  37 
 
 		 784 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  36.33 
 
 		 778 aa  403  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  36.6 
 
 		 778 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.33 
 
 		 778 aa  404  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.19 
 
 		 778 aa  404  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  36.6 
 
 		 770 aa  405  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  36.19 
 
 		 778 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  36.33 
 
 		 778 aa  402  1e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  36.6 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  36.33 
 
 		 778 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  35.92 
 
 		 778 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  36.65 
 
 		 711 aa  397  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  35.33 
 
 		 772 aa  396  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  36.53 
 
 		 742 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  35.94 
 
 		 772 aa  380  1e-104  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  33.51 
 
 		 806 aa  375  1e-102  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  31.93 
 
 		 813 aa  371  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  33.47 
 
 		 810 aa  369  1e-100  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  33.83 
 
 		 825 aa  363  5.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  33.83 
 
 		 825 aa  363  5.0000000000000005e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  33.83 
 
 		 834 aa  362  1e-98  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  36.54 
 
 		 825 aa  361  3e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  35.74 
 
 		 698 aa  350  6e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  35.89 
 
 		 698 aa  348  2e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  33.29 
 
 		 833 aa  336  7e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  32.74 
 
 		 792 aa  326  9e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  34.36 
 
 		 741 aa  323  6e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  33.43 
 
 		 740 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  33.33 
 
 		 795 aa  314  2.9999999999999996e-84  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  32.51 
 
 		 726 aa  292  1e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>