More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3149 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
392 aa  790    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.72 
 
 
403 aa  629  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.72 
 
 
388 aa  626  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  81.27 
 
 
387 aa  625  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.59 
 
 
410 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.65 
 
 
396 aa  531  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.11 
 
 
387 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  63.8 
 
 
392 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 
411 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.5 
 
 
389 aa  457  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.46 
 
 
389 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.05 
 
 
383 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60 
 
 
384 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.31 
 
 
397 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.05 
 
 
388 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.49 
 
 
397 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.58 
 
 
426 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.59 
 
 
395 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.93 
 
 
404 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.07 
 
 
395 aa  440  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.59 
 
 
395 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.31 
 
 
395 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.58 
 
 
388 aa  418  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.52 
 
 
390 aa  404  1e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.58 
 
 
363 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.25 
 
 
404 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.96 
 
 
395 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.79 
 
 
390 aa  362  6e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.72 
 
 
385 aa  360  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.03 
 
 
382 aa  353  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.65 
 
 
380 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.89 
 
 
380 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.51 
 
 
388 aa  346  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.21 
 
 
381 aa  341  1e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
388 aa  340  4e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.09 
 
 
380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.19 
 
 
371 aa  333  3e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.66 
 
 
379 aa  332  8e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.49 
 
 
378 aa  331  2e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.72 
 
 
377 aa  324  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.51 
 
 
387 aa  319  6e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.16 
 
 
389 aa  316  4e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.05 
 
 
376 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.74 
 
 
398 aa  313  3.9999999999999997e-84  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.53 
 
 
380 aa  311  9e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.59 
 
 
381 aa  311  2e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.53 
 
 
375 aa  306  4.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.7 
 
 
382 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.7 
 
 
382 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.76 
 
 
377 aa  300  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.57 
 
 
375 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.51 
 
 
386 aa  298  9e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.77 
 
 
386 aa  298  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.69 
 
 
377 aa  296  3e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.79 
 
 
378 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.24 
 
 
383 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.53 
 
 
374 aa  293  4e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.53 
 
 
374 aa  293  4e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.79 
 
 
383 aa  292  7e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.01 
 
 
377 aa  291  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.19 
 
 
383 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.19 
 
 
407 aa  291  2e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.42 
 
 
391 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
407 aa  290  4e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
402 aa  290  4e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.92 
 
 
378 aa  288  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.01 
 
 
392 aa  288  1e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.91 
 
 
375 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.6 
 
 
382 aa  288  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.01 
 
 
375 aa  287  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.79 
 
 
377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
382 aa  286  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.79 
 
 
386 aa  285  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.95 
 
 
376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.09 
 
 
376 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.23 
 
 
383 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.08 
 
 
386 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.62 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.91 
 
 
375 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.83 
 
 
376 aa  281  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.15 
 
 
376 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.91 
 
 
375 aa  280  4e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.26 
 
 
378 aa  280  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.91 
 
 
375 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  42.18 
 
 
375 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.18 
 
 
376 aa  280  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.01 
 
 
378 aa  279  5e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.18 
 
 
375 aa  279  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.07 
 
 
385 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.5 
 
 
376 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.06 
 
 
381 aa  278  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
377 aa  277  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.61 
 
 
425 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>