More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8046 on replicon NC_011887
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 215 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 250 aa  138  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 253 aa  136  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  38.28 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  37.56 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  118  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 217 aa  118  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 230 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1334  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.164472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5216  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293373  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1712  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 204 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 218 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 215 aa  104  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  101  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 224 aa  98.6  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 227 aa  98.2  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  34.86 
 
 		 240 aa  98.2  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  34.86 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3277  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 259 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 224 aa  92.8  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 223 aa  92.4  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 255 aa  89.4  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 235 aa  89  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5325  transcriptional regulator, GntR family  31.92 
 
 		 263 aa  88.6  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 222 aa  88.6  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 248 aa  88.2  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 228 aa  86.3  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 219 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 245 aa  85.1  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.6 
 
 		 226 aa  85.1  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  31.64 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 240 aa  84.7  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7641  transcriptional regulator, GntR family  29.1 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.587839 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.15 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  32.89 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  29.83 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 246 aa  78.6  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.98 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 225 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 255 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6522  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0968671 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3597  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>