More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0009 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  49.72 
 
 
722 aa  666  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  53.91 
 
 
737 aa  782  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  63.6 
 
 
728 aa  926  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  54.43 
 
 
731 aa  755  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  52.11 
 
 
731 aa  753  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  55.06 
 
 
728 aa  821  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  53.95 
 
 
728 aa  775  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  53.15 
 
 
727 aa  776  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  97.68 
 
 
733 aa  1426  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  49.51 
 
 
739 aa  660  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  75 
 
 
750 aa  1131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  55.08 
 
 
738 aa  771  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  63.31 
 
 
733 aa  926  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  70.08 
 
 
735 aa  991  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  54.01 
 
 
726 aa  749  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  48.74 
 
 
738 aa  674  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  63.41 
 
 
731 aa  916  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  92.36 
 
 
727 aa  1357  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  54.29 
 
 
740 aa  778  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  75.92 
 
 
744 aa  1137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  69.32 
 
 
736 aa  986  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  50.78 
 
 
719 aa  660  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  100 
 
 
733 aa  1464  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  52.71 
 
 
728 aa  767  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  51.87 
 
 
728 aa  728  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  50.84 
 
 
728 aa  709  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  64.06 
 
 
731 aa  917  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  50.14 
 
 
742 aa  629  1e-179  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  50.07 
 
 
732 aa  629  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  1.4529e-05 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  48.04 
 
 
731 aa  627  1e-178  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  45.1 
 
 
747 aa  626  1e-178  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  48.6 
 
 
728 aa  621  1e-176  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  47.8 
 
 
736 aa  616  1e-175  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  47.76 
 
 
749 aa  617  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  45.88 
 
 
732 aa  612  1e-174  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  47.68 
 
 
750 aa  612  1e-174  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  48.09 
 
 
741 aa  615  1e-174  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  45.1 
 
 
710 aa  613  1e-174  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  48.37 
 
 
742 aa  612  1e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  47.28 
 
 
744 aa  597  1e-169  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  47.07 
 
 
746 aa  596  1e-169  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  46.26 
 
 
762 aa  591  1e-167  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  46.69 
 
 
754 aa  586  1e-166  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  43.27 
 
 
749 aa  583  1e-165  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  47.16 
 
 
725 aa  583  1e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  46.75 
 
 
738 aa  583  1e-165  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  43.05 
 
 
740 aa  580  1e-164  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  45.14 
 
 
742 aa  577  1e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  46.56 
 
 
739 aa  574  1e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  46.17 
 
 
768 aa  559  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  44.58 
 
 
728 aa  556  1e-157  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  45.61 
 
 
724 aa  550  1e-155  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  42.14 
 
 
726 aa  548  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  41.17 
 
 
735 aa  540  1e-152  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  46.8 
 
 
724 aa  536  1e-151  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  44.2 
 
 
719 aa  534  1e-150  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  40.38 
 
 
746 aa  530  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  7.21338e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  41.59 
 
 
742 aa  527  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  43.41 
 
 
736 aa  525  1e-148  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.34 
 
 
744 aa  512  1e-143  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  39.46 
 
 
744 aa  504  1e-141  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  39.19 
 
 
744 aa  503  1e-141  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  42.88 
 
 
715 aa  488  1e-136  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  36.38 
 
 
741 aa  455  1e-126  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  5.01325e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  35.06 
 
 
719 aa  442  1e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  39.36 
 
 
711 aa  439  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  40.82 
 
 
720 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  39.27 
 
 
740 aa  435  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  37.55 
 
 
688 aa  413  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  36.95 
 
 
742 aa  401  1e-110  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  37.19 
 
 
772 aa  399  1e-109  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  37.09 
 
 
786 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  33.2 
 
 
825 aa  379  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  33.38 
 
 
813 aa  382  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  33.2 
 
 
825 aa  379  1e-104  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  33.47 
 
 
810 aa  372  1e-102  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  33.16 
 
 
772 aa  375  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  33.82 
 
 
784 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  32.93 
 
 
778 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  36.12 
 
 
698 aa  368  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  32.93 
 
 
770 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.66 
 
 
778 aa  365  1e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  32.8 
 
 
778 aa  365  1e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  32.66 
 
 
778 aa  365  1e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.6137e-13 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  32.88 
 
 
778 aa  365  2e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  32.8 
 
 
778 aa  365  2e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  32.88 
 
 
778 aa  364  3e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  32.88 
 
 
778 aa  363  8e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  32.93 
 
 
778 aa  363  8e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  33.2 
 
 
834 aa  362  1e-98  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  36.12 
 
 
698 aa  361  3e-98  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  33.24 
 
 
740 aa  346  7e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  45.59 
 
 
871 aa  345  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.38 
 
 
795 aa  338  2e-91  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  33.15 
 
 
825 aa  338  3e-91  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  32.13 
 
 
792 aa  337  6e-91  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  32.12 
 
 
806 aa  337  6e-91  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  36.11 
 
 
726 aa  325  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  31.18 
 
 
833 aa  322  2e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  34.28 
 
 
741 aa  305  2e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>