More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_0346 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 262 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  65.98 
 
 		 244 aa  320  9.999999999999999e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  58.2 
 
 		 244 aa  296  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  55.6 
 
 		 256 aa  278  8e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  54.88 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  57.38 
 
 		 244 aa  275  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 250 aa  275  7e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 252 aa  248  6e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  48.57 
 
 		 264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  46.53 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  222  6e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  47.33 
 
 		 264 aa  220  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  48.18 
 
 		 245 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 		 245 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 244 aa  218  6e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 245 aa  216  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 248 aa  205  5e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 259 aa  195  5.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 262 aa  193  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 262 aa  193  3e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 262 aa  192  5e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  39.58 
 
 		 259 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 266 aa  191  8e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 263 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 		 264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  39.59 
 
 		 249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 264 aa  188  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 		 271 aa  188  8e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 264 aa  188  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 274 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 259 aa  186  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  41.8 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  41.8 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 285 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  40.93 
 
 		 290 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 262 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.04 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 270 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 261 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 265 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 261 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  175  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 259 aa  175  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  41.08 
 
 		 269 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 267 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 271 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 271 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 262 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 284 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 264 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  41.73 
 
 		 253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 260 aa  172  5e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 245 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 302 aa  171  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>