More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3190 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  44.7 
 
 		 738 aa  652    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  44.74 
 
 		 728 aa  640    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  44.96 
 
 		 733 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  44.86 
 
 		 742 aa  645    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  48.66 
 
 		 728 aa  691    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  49.09 
 
 		 722 aa  702    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  44.82 
 
 		 762 aa  659    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  45.1 
 
 		 733 aa  637    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  47.5 
 
 		 726 aa  648    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  46.01 
 
 		 736 aa  668    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  46.01 
 
 		 749 aa  652    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  47.33 
 
 		 727 aa  671    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  46.64 
 
 		 750 aa  659    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  50.5 
 
 		 719 aa  694    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  47.9 
 
 		 738 aa  662    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  43.64 
 
 		 754 aa  636    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  45.62 
 
 		 725 aa  645    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  48.31 
 
 		 731 aa  684    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  45.51 
 
 		 744 aa  641    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  44.38 
 
 		 746 aa  658    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  44.78 
 
 		 741 aa  650    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  44.17 
 
 		 739 aa  646    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  45.34 
 
 		 742 aa  643    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  44.92 
 
 		 744 aa  661    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  47.41 
 
 		 728 aa  651    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  47.26 
 
 		 737 aa  672    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  45.93 
 
 		 728 aa  639    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  45.83 
 
 		 749 aa  665    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  46.99 
 
 		 733 aa  671    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  47.05 
 
 		 731 aa  684    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  49.86 
 
 		 732 aa  691    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  45.14 
 
 		 738 aa  636    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  100 
 
 		 710 aa  1459    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  47.78 
 
 		 732 aa  662    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  45.6 
 
 		 750 aa  669    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  47.27 
 
 		 728 aa  655    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  47.82 
 
 		 728 aa  676    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  44.3 
 
 		 731 aa  638    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  46.69 
 
 		 747 aa  681    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  43.27 
 
 		 740 aa  641    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  46.84 
 
 		 731 aa  681    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  47.89 
 
 		 742 aa  665    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  48.73 
 
 		 728 aa  696    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  43.66 
 
 		 735 aa  634  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  44.46 
 
 		 727 aa  632  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  45.51 
 
 		 728 aa  630  1e-179  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  44.73 
 
 		 740 aa  630  1e-179  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  46.84 
 
 		 726 aa  625  1e-178  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  47.12 
 
 		 731 aa  627  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  42.3 
 
 		 736 aa  625  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  48.49 
 
 		 735 aa  623  1e-177  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  45.83 
 
 		 746 aa  617  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  43.3 
 
 		 739 aa  607  9.999999999999999e-173  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  44.54 
 
 		 724 aa  592  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  42.9 
 
 		 768 aa  585  1e-166  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  42.52 
 
 		 724 aa  581  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  45.43 
 
 		 744 aa  571  1e-161  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  45.29 
 
 		 744 aa  568  1e-160  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  43.95 
 
 		 742 aa  543  1e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  40.69 
 
 		 736 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  41.09 
 
 		 719 aa  535  1e-150  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  38.13 
 
 		 744 aa  503  1e-141  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  38.55 
 
 		 740 aa  501  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  40.08 
 
 		 741 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  39.55 
 
 		 720 aa  484  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  39.89 
 
 		 688 aa  482  1e-135  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  40.61 
 
 		 719 aa  479  1e-134  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  37.73 
 
 		 715 aa  464  1e-129  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  36.39 
 
 		 786 aa  435  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  35.37 
 
 		 784 aa  432  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4289  helicase  36.14 
 
 		 778 aa  423  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  36.14 
 
 		 770 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.14 
 
 		 778 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  36.01 
 
 		 778 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4527  putative helicase  36.14 
 
 		 778 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0134792  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  36.01 
 
 		 778 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4477  helicase, putative  36.01 
 
 		 778 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.718062  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  36.01 
 
 		 778 aa  419  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  35.6 
 
 		 772 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4241  RecD/TraA family helicase  35.83 
 
 		 778 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0722  putative helicase  36.01 
 
 		 778 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  35.78 
 
 		 711 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  34.47 
 
 		 813 aa  409  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  35.28 
 
 		 834 aa  389  1e-107  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  34.64 
 
 		 806 aa  387  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  34.05 
 
 		 810 aa  380  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  35.36 
 
 		 742 aa  382  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  32.88 
 
 		 741 aa  374  1e-102  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  33.24 
 
 		 825 aa  365  2e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  33.24 
 
 		 825 aa  365  2e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  32.73 
 
 		 772 aa  364  3e-99  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  33.2 
 
 		 792 aa  360  5e-98  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.18 
 
 		 795 aa  357  5e-97  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.03 
 
 		 833 aa  345  2e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  32.66 
 
 		 698 aa  343  8e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.28 
 
 		 698 aa  342  1e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  32.43 
 
 		 825 aa  333  7.000000000000001e-90  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0906  ATP-dependent DNA helicase RecD/TraA  31.45 
 
 		 740 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.618422  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  31.68 
 
 		 726 aa  324  3e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  39.4 
 
 		 871 aa  313  7.999999999999999e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>