More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0616 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 372 aa  760    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  53.76 
 
 		 374 aa  431  1e-120  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  54.18 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  51.21 
 
 		 374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  49.6 
 
 		 379 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  50.94 
 
 		 372 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  49.45 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  47.58 
 
 		 374 aa  365  1e-100  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  41.4 
 
 		 372 aa  328  8e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.95 
 
 		 379 aa  279  5e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.98 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.89 
 
 		 375 aa  197  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30 
 
 		 374 aa  192  7e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.51 
 
 		 374 aa  191  1e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  32.46 
 
 		 374 aa  187  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.63 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.42 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  30.63 
 
 		 378 aa  184  3e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.76 
 
 		 376 aa  179  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 372 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 		 372 aa  176  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.02 
 
 		 376 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 372 aa  176  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  28.15 
 
 		 366 aa  173  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.59 
 
 		 372 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 		 373 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 372 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.35 
 
 		 365 aa  169  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.03 
 
 		 365 aa  169  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.42 
 
 		 368 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.76 
 
 		 367 aa  169  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 		 376 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.15 
 
 		 370 aa  166  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.32 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  26.95 
 
 		 366 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 374 aa  166  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.88 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 		 365 aa  166  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 		 374 aa  165  9e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 366 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.34 
 
 		 367 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  26.08 
 
 		 366 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.79 
 
 		 372 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 372 aa  162  9e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.35 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.64 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  26.39 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  28.76 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.24 
 
 		 388 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 		 366 aa  159  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.81 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 372 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 366 aa  159  7e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.81 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 		 372 aa  157  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.81 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.49 
 
 		 366 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 373 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.13 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.13 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 		 373 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.79 
 
 		 372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 367 aa  156  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.69 
 
 		 366 aa  155  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.69 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  26.81 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.74 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.82 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 		 373 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.01 
 
 		 370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 390 aa  153  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 		 372 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.27 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 		 373 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 367 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 367 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 		 367 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 		 377 aa  152  7e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  26.88 
 
 		 367 aa  152  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>