More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0304 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 256 aa  526  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  67.84 
 
 		 264 aa  363  1e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  61.24 
 
 		 268 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  60.38 
 
 		 272 aa  332  4e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  61.72 
 
 		 268 aa  322  4e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  57.75 
 
 		 266 aa  316  2e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  52.9 
 
 		 270 aa  299  2e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  43.63 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  40.94 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  39.26 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  39.26 
 
 		 277 aa  185  5e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  40.08 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  42.31 
 
 		 257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  39.38 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  41.98 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  40.53 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  38.79 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  41.15 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  37.55 
 
 		 264 aa  171  6.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 275 aa  162  4.0000000000000004e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  39 
 
 		 258 aa  158  7e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  34.32 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  37.31 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  32.48 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  35.06 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  35.59 
 
 		 284 aa  145  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  39.35 
 
 		 279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  34.6 
 
 		 281 aa  145  9e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  34.89 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0407  diaminopimelate epimerase  34.19 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0431  diaminopimelate epimerase  34.19 
 
 		 277 aa  141  8e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  32.6 
 
 		 274 aa  139  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  36.62 
 
 		 269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  32.62 
 
 		 282 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 274 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  32.37 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  34.31 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  34.7 
 
 		 283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  32.12 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  32.28 
 
 		 249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  34.49 
 
 		 334 aa  135  6.0000000000000005e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  34.55 
 
 		 278 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  33.94 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 283 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  33.71 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  33.46 
 
 		 274 aa  133  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  32.26 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  32.01 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  31.87 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  32.27 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  31.5 
 
 		 249 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  32.5 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  32.6 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  31.85 
 
 		 247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  31.8 
 
 		 286 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  32.38 
 
 		 283 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  32.23 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  31.89 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  31.16 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  32.35 
 
 		 278 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  31.8 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  31.52 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  32.38 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  32.16 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  32.47 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  33.58 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  33.58 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2989  diaminopimelate epimerase  32 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000823328  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  33.58 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  32.47 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  33.58 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  33.58 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  32.85 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  34.4 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  31.79 
 
 		 284 aa  128  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  33.68 
 
 		 288 aa  128  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 		 278 aa  128  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  31.52 
 
 		 277 aa  128  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0859  diaminopimelate epimerase  35.66 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  32.51 
 
 		 323 aa  127  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  31.5 
 
 		 269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>