More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1220 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  100 
 
 		 190 aa  379  1e-104  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  66.84 
 
 		 264 aa  259  2e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  67.22 
 
 		 190 aa  238  4e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0960  shikimate kinase  65.56 
 
 		 199 aa  237  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  66.11 
 
 		 199 aa  235  4e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  64.44 
 
 		 197 aa  234  8e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  63.19 
 
 		 202 aa  224  6e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  45.2 
 
 		 192 aa  140  7e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  45.09 
 
 		 175 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  40.57 
 
 		 169 aa  125  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  40.94 
 
 		 168 aa  122  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  43.95 
 
 		 190 aa  122  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 166 aa  120  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  40.68 
 
 		 177 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  36.21 
 
 		 170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  40.22 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  38.42 
 
 		 176 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  39.43 
 
 		 175 aa  114  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35 
 
 		 173 aa  115  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  39.35 
 
 		 172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.13 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  35.84 
 
 		 170 aa  111  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  36.14 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  36.16 
 
 		 176 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  40.49 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.62 
 
 		 180 aa  108  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.65 
 
 		 181 aa  108  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  108  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.26 
 
 		 174 aa  107  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  38.46 
 
 		 172 aa  107  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  36.96 
 
 		 181 aa  107  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  37.64 
 
 		 219 aa  106  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  38.01 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.34 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.35 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  37.85 
 
 		 176 aa  105  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  37.42 
 
 		 177 aa  104  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.2 
 
 		 539 aa  104  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.88 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.8 
 
 		 198 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  38.15 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  36.47 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.71 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  36.26 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  40.52 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  34.21 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  35.29 
 
 		 165 aa  102  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3659  Shikimate kinase  39.61 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.71 
 
 		 165 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  35.29 
 
 		 165 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  34.71 
 
 		 165 aa  101  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.36 
 
 		 179 aa  101  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.12 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.71 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  37.14 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  37.14 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.94 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  38.01 
 
 		 173 aa  99.8  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  34.5 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  35.63 
 
 		 169 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.31 
 
 		 594 aa  99.8  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  35.03 
 
 		 175 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  34.1 
 
 		 189 aa  99.8  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  36.99 
 
 		 172 aa  99  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  36.72 
 
 		 188 aa  99  3e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.63 
 
 		 186 aa  99  4e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  41.18 
 
 		 191 aa  99  4e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  37.36 
 
 		 190 aa  98.6  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  36.52 
 
 		 180 aa  98.6  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  36.48 
 
 		 173 aa  98.6  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  36.6 
 
 		 591 aa  97.8  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  38.61 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  31.43 
 
 		 171 aa  97.8  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  36.11 
 
 		 168 aa  97.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  41.86 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  32.56 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  35.67 
 
 		 188 aa  97.1  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  35.54 
 
 		 173 aa  96.3  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  37.97 
 
 		 169 aa  96.7  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  37.11 
 
 		 203 aa  96.7  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  37.42 
 
 		 167 aa  96.3  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000013813  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  40.12 
 
 		 170 aa  95.9  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.13 
 
 		 178 aa  95.9  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  37.5 
 
 		 201 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  33.33 
 
 		 190 aa  95.1  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  35.58 
 
 		 189 aa  94.7  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  35.48 
 
 		 195 aa  95.1  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  33.51 
 
 		 182 aa  94.7  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  36.31 
 
 		 277 aa  94.7  7e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.26 
 
 		 172 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.31 
 
 		 183 aa  94.4  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.26 
 
 		 172 aa  94.4  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  37.97 
 
 		 167 aa  94.4  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.84 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  36.71 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  35.84 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  33.33 
 
 		 198 aa  93.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  38.86 
 
 		 220 aa  94  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  34.97 
 
 		 156 aa  93.6  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>