More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0052 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  100 
 
 
170 aa  335  2e-91  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  64.85 
 
 
177 aa  216  8e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  59.28 
 
 
173 aa  195  3e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  58.02 
 
 
174 aa  188  3e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  57.76 
 
 
184 aa  182  2e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0495  shikimate kinase  55.9 
 
 
171 aa  152  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  47.59 
 
 
165 aa  143  1e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  46.99 
 
 
165 aa  143  1e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  45.18 
 
 
165 aa  138  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  44.05 
 
 
165 aa  138  4e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  39.31 
 
 
189 aa  98.2  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  33.52 
 
 
181 aa  95.5  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  33.52 
 
 
193 aa  95.5  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  37.5 
 
 
168 aa  94.7  5e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  35.26 
 
 
188 aa  94  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  38.95 
 
 
207 aa  92.8  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  34.71 
 
 
173 aa  92  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  32.37 
 
 
189 aa  92  4e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  36.21 
 
 
175 aa  92  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.97 
 
 
183 aa  91.3  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  36.59 
 
 
188 aa  91.3  6e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  36.84 
 
 
166 aa  90.9  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  32.53 
 
 
190 aa  90.1  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  31.43 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  37.43 
 
 
165 aa  90.1  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0461  Shikimate kinase  28.49 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.196484  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  32.94 
 
 
200 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  32.94 
 
 
201 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  32.76 
 
 
185 aa  88.2  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  38.85 
 
 
196 aa  88.6  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  33.52 
 
 
174 aa  88.2  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  34.29 
 
 
176 aa  87.8  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  31.07 
 
 
198 aa  87.8  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  32.35 
 
 
182 aa  87.4  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  36.72 
 
 
178 aa  87.4  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  32.57 
 
 
208 aa  87.4  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.32 
 
 
190 aa  87  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  32.93 
 
 
179 aa  87  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  30.95 
 
 
182 aa  85.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 
593 aa  85.9  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  34.66 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  32.95 
 
 
172 aa  85.5  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  33.92 
 
 
173 aa  84.7  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  32.35 
 
 
171 aa  84.7  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.02686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  32.95 
 
 
165 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  34.86 
 
 
169 aa  84.3  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.25 
 
 
172 aa  84.3  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.93 
 
 
175 aa  84.3  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.93 
 
 
175 aa  84.3  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  34.71 
 
 
170 aa  84.3  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  34.39 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  34.39 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  34.12 
 
 
172 aa  84  9e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  32.95 
 
 
165 aa  83.6  1e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.33 
 
 
204 aa  83.6  1e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  33.33 
 
 
176 aa  83.6  1e-15  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  32.37 
 
 
165 aa  83.6  1e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  32.95 
 
 
165 aa  83.6  1e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.14 
 
 
462 aa  83.6  1e-15  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  31.74 
 
 
192 aa  83.6  1e-15  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  32.95 
 
 
165 aa  83.6  1e-15  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.25 
 
 
594 aa  83.6  1e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  34.71 
 
 
206 aa  82.8  2e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  37.5 
 
 
173 aa  83.2  2e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  32.57 
 
 
173 aa  82.8  2e-15  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  32.75 
 
 
170 aa  82.8  2e-15  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  33.14 
 
 
192 aa  82  3e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  33.33 
 
 
183 aa  82  3e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  32.12 
 
 
184 aa  82.4  3e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  32.56 
 
 
181 aa  82  3e-15  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  35.21 
 
 
216 aa  82.4  3e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.13 
 
 
199 aa  82  3e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  81.6  4e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  33.73 
 
 
201 aa  82  4e-15  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  33.94 
 
 
183 aa  82  4e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  32.75 
 
 
179 aa  81.6  5e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07850  shikimate kinase  31.03 
 
 
177 aa  81.6  5e-15  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0207717 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  32.73 
 
 
184 aa  81.6  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  32.73 
 
 
177 aa  81.3  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  32.74 
 
 
172 aa  81.3  5e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  32.73 
 
 
177 aa  81.3  5e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  32.73 
 
 
177 aa  81.3  5e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.13 
 
 
209 aa  81.6  5e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  32.73 
 
 
177 aa  81.3  5e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  32.73 
 
 
177 aa  81.3  5e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  32.93 
 
 
184 aa  81.3  6e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  32.53 
 
 
184 aa  81.3  6e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  31.76 
 
 
235 aa  80.9  7e-15  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  31.76 
 
 
235 aa  80.9  7e-15  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  31.76 
 
 
235 aa  80.9  7e-15  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1162  shikimate kinase / chorismate mutase  35.71 
 
 
266 aa  81.3  7e-15  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  30.68 
 
 
172 aa  80.9  8e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.04187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  30.11 
 
 
173 aa  80.9  8e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  32.37 
 
 
165 aa  80.9  8e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>