More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4060 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 384 aa  777    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 		 386 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  40.57 
 
 		 385 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  40.57 
 
 		 385 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  37.25 
 
 		 398 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  39.74 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  38.61 
 
 		 377 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  38.67 
 
 		 386 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 		 392 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  36.19 
 
 		 380 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.75 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  39.38 
 
 		 382 aa  226  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  37.67 
 
 		 378 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  39.38 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  37.22 
 
 		 374 aa  225  9e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.27 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 		 403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  37.26 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  34.13 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  37.26 
 
 		 385 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  35 
 
 		 382 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  34.48 
 
 		 378 aa  215  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 		 385 aa  199  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 384 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 383 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  32.47 
 
 		 383 aa  192  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  34.94 
 
 		 373 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  34.56 
 
 		 375 aa  184  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 		 383 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 		 367 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 		 370 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 		 374 aa  171  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  30.36 
 
 		 383 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 		 377 aa  169  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 		 377 aa  169  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 374 aa  169  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 425 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  34 
 
 		 472 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 371 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 370 aa  166  9e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 		 383 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 408 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 		 378 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 		 382 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 380 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 		 408 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  29.87 
 
 		 342 aa  156  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 383 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 		 411 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 379 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  33.15 
 
 		 480 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 		 411 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  31.32 
 
 		 391 aa  149  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 		 372 aa  146  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 		 423 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  34.52 
 
 		 426 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.72 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.92 
 
 		 393 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 382 aa  142  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  29.87 
 
 		 388 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.11 
 
 		 517 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 		 416 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 		 416 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 386 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  29.23 
 
 		 497 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 		 592 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  31.66 
 
 		 539 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 415 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 512 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  23.87 
 
 		 380 aa  133  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  31.99 
 
 		 519 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 387 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 403 aa  128  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.53 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.46 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.1 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.66 
 
 		 392 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.45 
 
 		 370 aa  116  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  27.56 
 
 		 430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  27.1 
 
 		 380 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 401 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.35 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>