More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4439 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 190 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  97.89 
 
 		 190 aa  383  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  89.67 
 
 		 192 aa  342  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  89.67 
 
 		 192 aa  342  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  89.67 
 
 		 192 aa  342  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  87.37 
 
 		 189 aa  341  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  88.11 
 
 		 193 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  89.07 
 
 		 236 aa  339  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  84.97 
 
 		 236 aa  337  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  90.5 
 
 		 179 aa  337  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  88.04 
 
 		 192 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  88.04 
 
 		 192 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 193 aa  334  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  75.68 
 
 		 191 aa  289  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  75.68 
 
 		 191 aa  288  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 191 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 191 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 191 aa  268  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  70.56 
 
 		 191 aa  266  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  40.45 
 
 		 180 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 178 aa  113  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 281 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 269 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 271 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 286 aa  108  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 259 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 259 aa  106  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 199 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  104  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 199 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 199 aa  101  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  32.58 
 
 		 271 aa  99.4  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 188 aa  99  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 179 aa  98.6  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  34.08 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 234 aa  94.4  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 184 aa  94  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  30.93 
 
 		 199 aa  92.8  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 292 aa  92.8  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  30.93 
 
 		 199 aa  92  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 176 aa  91.7  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 187 aa  91.3  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  32.04 
 
 		 181 aa  91.3  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 181 aa  91.3  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.23 
 
 		 188 aa  91.3  9e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  31.49 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1575  DNA-binding protein  35.76 
 
 		 249 aa  90.9  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1565  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 192 aa  89.7  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  30 
 
 		 188 aa  90.1  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  32.04 
 
 		 181 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 181 aa  89  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0768  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 242 aa  89  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377611  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1221  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 247 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0563936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0698  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 247 aa  89  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0375351  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1732  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 247 aa  89  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2423  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 247 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 197 aa  88.6  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1146  DNA-binding protein  35.15 
 
 		 247 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112687  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 181 aa  88.2  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  30.94 
 
 		 181 aa  88.2  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 204 aa  88.2  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.73 
 
 		 188 aa  87.8  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 181 aa  87.8  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  24.57 
 
 		 175 aa  87.8  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.22 
 
 		 197 aa  87.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  31.91 
 
 		 202 aa  85.9  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 191 aa  86.3  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  32.4 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 191 aa  85.9  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 276 aa  85.5  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7456  hypothetical protein  37.16 
 
 		 110 aa  84.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  32.22 
 
 		 179 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.35 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>