115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0048 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 488 aa  999    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  65.62 
 
 		 479 aa  608  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 480 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  51.79 
 
 		 480 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 481 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 483 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  51.16 
 
 		 480 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 483 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 482 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  46.82 
 
 		 481 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  44.07 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  41.16 
 
 		 468 aa  354  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  41.56 
 
 		 476 aa  351  2e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  41.39 
 
 		 474 aa  349  8e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 490 aa  348  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 474 aa  346  4e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.77 
 
 		 483 aa  345  1e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 477 aa  344  2e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  39.7 
 
 		 466 aa  339  8e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  40.04 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  39.83 
 
 		 477 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 464 aa  337  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  40.04 
 
 		 475 aa  336  5.999999999999999e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  39.75 
 
 		 482 aa  335  7e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  42.89 
 
 		 476 aa  333  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.67 
 
 		 475 aa  333  4e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  41.28 
 
 		 524 aa  332  7.000000000000001e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 462 aa  330  5.0000000000000004e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 491 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  39.96 
 
 		 463 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 477 aa  326  5e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  39.24 
 
 		 475 aa  326  7e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 475 aa  325  9e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  39.24 
 
 		 475 aa  325  9e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 464 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  41.77 
 
 		 472 aa  325  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 470 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 474 aa  323  6e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  37.71 
 
 		 470 aa  322  8e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  37.42 
 
 		 472 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  37.71 
 
 		 472 aa  320  3e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  38.89 
 
 		 467 aa  318  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  38.99 
 
 		 475 aa  318  2e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 470 aa  317  5e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  40.5 
 
 		 490 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  36.42 
 
 		 474 aa  312  7.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 471 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 469 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 490 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 470 aa  310  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 470 aa  310  4e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 491 aa  309  8e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  40.64 
 
 		 469 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  38.94 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  38.91 
 
 		 483 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  38.68 
 
 		 461 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 474 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  40.42 
 
 		 470 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  40.13 
 
 		 471 aa  296  7e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  39.74 
 
 		 461 aa  295  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 		 475 aa  293  5e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  40.55 
 
 		 469 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  39.75 
 
 		 469 aa  290  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  40.76 
 
 		 469 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 466 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  39.28 
 
 		 464 aa  285  9e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 486 aa  282  8.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  38.25 
 
 		 484 aa  281  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 477 aa  276  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  37.04 
 
 		 474 aa  275  1.0000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 473 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 506 aa  271  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 474 aa  268  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 461 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 495 aa  233  6e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  49.64 
 
 		 149 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.84 
 
 		 481 aa  83.6  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.44 
 
 		 488 aa  74.7  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  21.61 
 
 		 493 aa  73.2  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.52 
 
 		 491 aa  71.2  0.00000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 490 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.08 
 
 		 490 aa  67.8  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.17 
 
 		 478 aa  66.6  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.08 
 
 		 504 aa  63.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  21.95 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  22.32 
 
 		 500 aa  60.5  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.24 
 
 		 489 aa  59.3  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24 
 
 		 505 aa  57.8  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  22.87 
 
 		 488 aa  57.4  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.19 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 443 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 431 aa  55.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  21.55 
 
 		 495 aa  55.1  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 491 aa  50.8  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  24.36 
 
 		 513 aa  49.7  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 194 aa  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>