More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4196 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4196  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  650    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1642  transcriptional regulator, LysR family  96.58 
 
 		 322 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 321 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  27.56 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 316 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 302 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5511  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.35 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 323 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0898  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189766  normal  0.288462 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 318 aa  86.3  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.62 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  28.57 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  30.57 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5165  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.83004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  28.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  28.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  28.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  28.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  28.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 339 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  24.56 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.85 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  27.47 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.3 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.41 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7441  transcriptional regulator LysR family  29.35 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.105737  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>