More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1642 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1642  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 322 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4196  LysR family transcriptional regulator  96.58 
 
 		 322 aa  626  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 321 aa  351  8.999999999999999e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 356 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 313 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 318 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5511  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.71 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0898  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189766  normal  0.288462 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2084  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0859391  normal  0.308177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5165  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.83004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 299 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 351 aa  89.4  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 323 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0494  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.574474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 300 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.47 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 313 aa  86.3  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.46 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  29.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  28.46 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  29.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  29.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  29.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  29.32 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 322 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4635  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  27.47 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4222  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.638032  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.84 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1527  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.607461 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.85 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4027  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3495  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.563303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4461  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.860585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2501  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3054  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.3 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5073  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6646  transcriptional regulator, LysR family  29.38 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636904 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>