More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7441 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7441  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 316 aa  636    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.105737  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5542  transcriptional regulator, LysR family  45.71 
 
 		 316 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196792  hitchhiker  0.00000723817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 312 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  22.85 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 300 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  26.09 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  27.43 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.25 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4443  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.917968 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 406 aa  86.7  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  24.74 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  24.84 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  24.84 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0640  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.674011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.23 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1890  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.329804 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0958  transcriptional regulator, LysR family  27.19 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.181705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  23.31 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3128  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.173268  normal  0.236644 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3375  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.477325  normal  0.253133 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0817  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  24.21 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.19 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  24.21 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5511  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.51 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.71 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  24.41 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  24.08 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4196  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  22.3 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  25.2 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1609  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0273727  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1642  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4144  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.11543  normal  0.0506604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.02 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>