More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0958 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0958  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  604  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.181705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0817  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0866  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0989  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0172  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0351  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.363543  normal  0.665208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2099  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2291  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2158  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0300496  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2293  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0958  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 322 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.34 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 293 aa  112  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 334 aa  109  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  29.71 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 337 aa  103  5e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  28.11 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  27.05 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  27.05 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  28.28 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  27.05 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  24.49 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  27.05 
 
 		 323 aa  99.8  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1662  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1993  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223319  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 320 aa  99.4  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 329 aa  99  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  26.69 
 
 		 324 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>