More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1993 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1662  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1993  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2291  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2158  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0300496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2099  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0958  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2293  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0989  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0866  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0172  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0351  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.363543  normal  0.665208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  35.45 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.99 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 314 aa  113  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.74 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.8 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0817  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0958  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.181705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.75 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 313 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 287 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 287 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  27.76 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 329 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 336 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0171  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 327 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 327 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 337 aa  96.3  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>