More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0351 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0351  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  581  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.363543  normal  0.665208 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0172  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  581  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0866  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0989  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 307 aa  260  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179593 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0958  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.181705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0817  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2291  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2158  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0300496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2099  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0958  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2293  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1993  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223319  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 314 aa  114  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  32.17 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.4 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.04 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.04 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.04 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.04 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 337 aa  108  9.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.33 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.69 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.69 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 322 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2711  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.991378  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>