More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5542 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012853  Rleg_5542  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196792  hitchhiker  0.00000723817 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7441  transcriptional regulator LysR family  45.71 
 
 		 316 aa  268  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.105737  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 337 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  23.13 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.21 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.15 
 
 		 325 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 369 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32700  transcriptional regulator  25.61 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685887  hitchhiker  0.0000452911 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2769  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 304 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1368  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0323343 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5511  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.4 
 
 		 345 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  28.42 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54710  putative transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0282629  hitchhiker  0.000000212849 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 406 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 417 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 331 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 317 aa  87  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4781  putative transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 397 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 301 aa  85.9  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2950  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.12495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 397 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09120  Transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.267768  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  25.54 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0212  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  21.99 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2394  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  21.99 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2832  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.99 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  26.51 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4019  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.99 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  26.51 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  26.51 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.75 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2857  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.34 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  26.51 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.99 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  26.51 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.11 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  23.21 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.4 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1757  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>