More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1013 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1013  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 203 aa  409  1e-113  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0175272  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3152  ribosomal protein S4  87.68 
 
 		 203 aa  376  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 204 aa  289  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1815  ribosomal protein S4  57.29 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.217551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16370  30S ribosomal protein S4  56.28 
 
 		 208 aa  215  5e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1686  ribosomal protein S4  56.78 
 
 		 208 aa  214  9e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.367201  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0176  ribosomal protein S4  53.69 
 
 		 200 aa  211  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18917  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17660  SSU ribosomal protein S4P  55.78 
 
 		 205 aa  210  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.029171  normal  0.0852313 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1110  ribosomal protein S4  52.22 
 
 		 202 aa  209  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.087009  normal  0.350174 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2011  30S ribosomal protein S4  53.77 
 
 		 208 aa  204  5e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658293  normal  0.432018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4818  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0623  30S ribosomal protein S4  53.77 
 
 		 208 aa  201  4e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.115824  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0369  ribosomal protein S4  53.77 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12750  30S ribosomal protein S4  53.03 
 
 		 208 aa  197  6e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.104394  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4369  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 202 aa  191  4e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1354  30S ribosomal protein S4  52.26 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6298  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.661836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2018  30S ribosomal protein S4  50.25 
 
 		 208 aa  190  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2281  30S ribosomal protein S4  51.27 
 
 		 208 aa  189  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0544941  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  46.53 
 
 		 200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4934  30S ribosomal protein S4  47.06 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 200 aa  175  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 200 aa  174  9e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  44.55 
 
 		 200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 200 aa  171  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  46.53 
 
 		 202 aa  171  7.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  45.67 
 
 		 208 aa  171  7.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 200 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  48.02 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  46.08 
 
 		 262 aa  169  3e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  47.52 
 
 		 201 aa  169  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  43.14 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  45.05 
 
 		 202 aa  167  7e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  44.06 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  44.06 
 
 		 200 aa  167  1e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  45.27 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  46.04 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  46.04 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 203 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  40.1 
 
 		 203 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  42.65 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  42.31 
 
 		 206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  46.04 
 
 		 201 aa  164  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  41.67 
 
 		 205 aa  164  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  46.04 
 
 		 201 aa  164  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  39.6 
 
 		 203 aa  164  9e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  42.65 
 
 		 206 aa  164  9e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0787  30S ribosomal protein S4  45.15 
 
 		 202 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0281678 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 208 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  45.54 
 
 		 201 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  41.58 
 
 		 203 aa  162  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  41.83 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  44.71 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1590  30S ribosomal protein S4  44.17 
 
 		 202 aa  161  7e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  41.18 
 
 		 205 aa  160  9e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  39.11 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  43.75 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4356  30S ribosomal protein S4  45.15 
 
 		 202 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1487  30S ribosomal protein S4  45.15 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4418  30S ribosomal protein S4  45.15 
 
 		 202 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000122066  normal  0.206155 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0300  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 203 aa  160  2e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 206 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  42.36 
 
 		 206 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04081  30S ribosomal protein S4  44.5 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20600  30S ribosomal protein S4  43.07 
 
 		 202 aa  158  5e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.725693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  44.12 
 
 		 203 aa  158  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  44.23 
 
 		 208 aa  157  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  43.84 
 
 		 203 aa  157  9e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  41.58 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  40.59 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  38.61 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  41.09 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3514  30S ribosomal protein S4  40.7 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  39.11 
 
 		 203 aa  155  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 206 aa  155  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  41.5 
 
 		 205 aa  155  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21161  30S ribosomal protein S4  42.23 
 
 		 202 aa  155  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  40.39 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  43.35 
 
 		 201 aa  154  6e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  42.79 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  44.33 
 
 		 203 aa  154  9e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000312348  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  43.06 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  42.31 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  42.11 
 
 		 208 aa  153  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  42.31 
 
 		 208 aa  153  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  40.19 
 
 		 209 aa  153  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  40.59 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>