More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4369 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4369  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4818  30S ribosomal protein S4  92.57 
 
 		 202 aa  379  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0176  ribosomal protein S4  66.83 
 
 		 200 aa  273  9e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18917  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4934  30S ribosomal protein S4  65.52 
 
 		 203 aa  256  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1110  ribosomal protein S4  57.92 
 
 		 202 aa  234  9e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.087009  normal  0.350174 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2011  30S ribosomal protein S4  58.21 
 
 		 208 aa  223  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658293  normal  0.432018 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6298  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.07 
 
 		 201 aa  222  3e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.661836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1815  ribosomal protein S4  56.1 
 
 		 208 aa  220  9.999999999999999e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.217551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1686  ribosomal protein S4  56.1 
 
 		 208 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.367201  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17660  SSU ribosomal protein S4P  56.1 
 
 		 205 aa  215  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.029171  normal  0.0852313 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2281  30S ribosomal protein S4  60 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0544941  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12750  30S ribosomal protein S4  57.71 
 
 		 208 aa  214  5e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.104394  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2018  30S ribosomal protein S4  58.97 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1354  30S ribosomal protein S4  53.66 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  52.45 
 
 		 204 aa  206  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1013  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 203 aa  204  9e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0175272  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16370  30S ribosomal protein S4  52.82 
 
 		 208 aa  204  9e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0369  ribosomal protein S4  53.17 
 
 		 208 aa  202  2e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0623  30S ribosomal protein S4  52.74 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.115824  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3152  ribosomal protein S4  47.47 
 
 		 203 aa  192  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  43.5 
 
 		 205 aa  158  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4000  ribosomal protein S4  46 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00226649  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  43.43 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  45.5 
 
 		 206 aa  153  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  44.95 
 
 		 200 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  46.46 
 
 		 201 aa  152  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  43.94 
 
 		 200 aa  149  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  43.94 
 
 		 202 aa  147  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 200 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  43.94 
 
 		 202 aa  145  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  44.44 
 
 		 201 aa  144  6e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  44.44 
 
 		 201 aa  144  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  45.95 
 
 		 208 aa  144  9e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  44.44 
 
 		 201 aa  143  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  45.16 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1171  30S ribosomal protein S4  43.43 
 
 		 201 aa  142  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  44 
 
 		 206 aa  142  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  43.48 
 
 		 208 aa  141  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 201 aa  141  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 201 aa  141  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 201 aa  141  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  38.58 
 
 		 200 aa  141  8e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  42.05 
 
 		 203 aa  140  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  40.4 
 
 		 201 aa  139  1.9999999999999998e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  43.37 
 
 		 200 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  43.37 
 
 		 200 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  43.37 
 
 		 200 aa  139  3.9999999999999997e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  42.39 
 
 		 208 aa  138  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  40.31 
 
 		 203 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  44.38 
 
 		 201 aa  138  6e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  41.92 
 
 		 200 aa  138  7e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  44.32 
 
 		 208 aa  137  8.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  42.71 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  38.97 
 
 		 203 aa  136  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  42.21 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  41.33 
 
 		 203 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  41.81 
 
 		 208 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0874  30S ribosomal protein S4  40.91 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.0803992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1018  30S ribosomal protein S4  40.91 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000010559  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 208 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  43.82 
 
 		 201 aa  135  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4356  30S ribosomal protein S4  43.94 
 
 		 202 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4418  30S ribosomal protein S4  43.94 
 
 		 202 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000122066  normal  0.206155 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  40.69 
 
 		 208 aa  134  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  37.5 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  41.3 
 
 		 208 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  40.31 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  41.57 
 
 		 208 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 205 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  42.44 
 
 		 205 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2354  30S ribosomal protein S4  39.11 
 
 		 197 aa  132  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.32 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2668  30S ribosomal protein S4  39.11 
 
 		 197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.544911  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  40 
 
 		 202 aa  132  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  39.49 
 
 		 203 aa  132  5e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  41.38 
 
 		 208 aa  132  5e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  40 
 
 		 205 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  39.7 
 
 		 201 aa  131  6.999999999999999e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0609  30S ribosomal protein S4  40.76 
 
 		 209 aa  131  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.19344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  40.86 
 
 		 208 aa  131  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6023  30S ribosomal protein S4  39.67 
 
 		 209 aa  131  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.181485 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  41.57 
 
 		 208 aa  131  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  41.94 
 
 		 208 aa  130  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  38.89 
 
 		 203 aa  130  9e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  41.08 
 
 		 206 aa  130  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  40 
 
 		 208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0437  ribosomal protein S4  41.71 
 
 		 203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000069036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  41.87 
 
 		 197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  43.48 
 
 		 208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  40.86 
 
 		 208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>