More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1354 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1354  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 208 aa  415  9.999999999999999e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1686  ribosomal protein S4  83.65 
 
 		 208 aa  354  3.9999999999999996e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.367201  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1815  ribosomal protein S4  83.65 
 
 		 208 aa  352  2.9999999999999997e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.217551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17660  SSU ribosomal protein S4P  81.95 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.029171  normal  0.0852313 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2011  30S ribosomal protein S4  76.44 
 
 		 208 aa  323  1e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658293  normal  0.432018 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16370  30S ribosomal protein S4  74.04 
 
 		 208 aa  311  3.9999999999999997e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0369  ribosomal protein S4  73.56 
 
 		 208 aa  310  1e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0623  30S ribosomal protein S4  73.08 
 
 		 208 aa  306  1.0000000000000001e-82  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.115824  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2018  30S ribosomal protein S4  69.23 
 
 		 208 aa  292  3e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2281  30S ribosomal protein S4  68.27 
 
 		 208 aa  290  9e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0544941  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12750  30S ribosomal protein S4  67.79 
 
 		 208 aa  285  2.9999999999999996e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.104394  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0176  ribosomal protein S4  59.7 
 
 		 200 aa  235  4e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18917  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1110  ribosomal protein S4  58.05 
 
 		 202 aa  233  1.0000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.087009  normal  0.350174 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4934  30S ribosomal protein S4  58.05 
 
 		 203 aa  226  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4818  30S ribosomal protein S4  55.34 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6298  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.81 
 
 		 201 aa  202  4e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.661836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4369  30S ribosomal protein S4  53.66 
 
 		 202 aa  195  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1013  30S ribosomal protein S4  52.26 
 
 		 203 aa  191  8e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0175272  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3152  ribosomal protein S4  52.26 
 
 		 203 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3403  30S ribosomal protein S4  49 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.29529 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  46.15 
 
 		 200 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  165  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000248743  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4793  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00592592  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4554  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000221474  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4389  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000645812  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4399  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000278276  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4764  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 200 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0013865  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4773  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4908  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0786166  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4790  30S ribosomal protein S4  46.7 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0471  30S ribosomal protein S4  46.19 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000100944  hitchhiker  4.8786299999999993e-20 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  43.43 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  44.1 
 
 		 200 aa  157  8e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4485  30S ribosomal protein S4  45.18 
 
 		 200 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.644744  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  43 
 
 		 203 aa  155  4e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  43 
 
 		 203 aa  152  4e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  41.87 
 
 		 203 aa  151  8.999999999999999e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2107  30S ribosomal protein S4  41.75 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  42.57 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1394  SSU ribosomal protein S4P  44.28 
 
 		 262 aa  149  3e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631065  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  40.5 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  40.2 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1270  30S ribosomal protein S4  42.31 
 
 		 205 aa  148  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450634  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  41.76 
 
 		 200 aa  148  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  39.41 
 
 		 203 aa  148  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1842  SSU ribosomal protein S4P  42.86 
 
 		 203 aa  145  3e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  40.8 
 
 		 205 aa  144  7.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2283  30S ribosomal protein S4  40.78 
 
 		 206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0958  30S ribosomal protein S4  40.78 
 
 		 206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0208239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2948  30S ribosomal protein S4  39.81 
 
 		 206 aa  144  9e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0134327 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4303  30S ribosomal protein S4  39.81 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2583  30S ribosomal protein S4  39.81 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.542638  normal  0.610834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0954  30S ribosomal protein S4  40.29 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.86743 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  43.22 
 
 		 201 aa  142  4e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  41.11 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  40.29 
 
 		 208 aa  142  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  41.5 
 
 		 205 aa  141  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0359  30S ribosomal protein S4  42 
 
 		 205 aa  141  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2214  30S ribosomal protein S4  39.81 
 
 		 206 aa  141  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0823  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  141  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1777  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  38.33 
 
 		 209 aa  140  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  41.46 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5277  30S ribosomal protein S4  41 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.9692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3670  ribosomal protein S4  43.96 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5204  30S ribosomal protein S4  41.5 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.795696  normal  0.228879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4737  30S ribosomal protein S4  41.5 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  42.86 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  42.78 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  40.98 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0830  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2396  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  42.5 
 
 		 202 aa  139  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 201 aa  139  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  42.93 
 
 		 201 aa  139  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5388  30S ribosomal protein S4  38.35 
 
 		 205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311442  normal  0.936106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1927  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2249  30S ribosomal protein S4  42 
 
 		 205 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0123403  normal  0.0465366 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2129  SSU ribosomal protein S4P  39.09 
 
 		 200 aa  138  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0414725  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0500  30S ribosomal protein S4  40.91 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000917743  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  38.42 
 
 		 208 aa  138  6e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1765  30S ribosomal protein S4  38.83 
 
 		 205 aa  138  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.573109  normal  0.398636 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  42.05 
 
 		 202 aa  138  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  42.65 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2137  30S ribosomal protein S4  44.16 
 
 		 203 aa  137  8.999999999999999e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000101892  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  40.69 
 
 		 208 aa  137  1e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0874  30S ribosomal protein S4  40.87 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.0803992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1018  30S ribosomal protein S4  40.87 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000010559  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  39.13 
 
 		 201 aa  136  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3699  30S ribosomal protein S4  38.35 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.658744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1740  30S ribosomal protein S4  41 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.31934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  39.61 
 
 		 208 aa  137  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0202  ribosomal protein S4  40.4 
 
 		 203 aa  136  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1514  30S ribosomal protein S4  39.32 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0416  30S ribosomal protein S4  39.11 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.338288  normal  0.0195935 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19720  SSU ribosomal protein S4P  42.77 
 
 		 198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000575799  normal  0.771365 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01440  SSU ribosomal protein S4P  42.17 
 
 		 197 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.69794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>