More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1462 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1462  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
421 aa  853    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3027  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  70.9 
 
 
440 aa  579  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.305023  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0756  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  60.1 
 
 
420 aa  509  1e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3166  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  60.9 
 
 
423 aa  501  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0130839  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4681  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  59.32 
 
 
434 aa  456  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3829  putative branched-chain amino acid ABC transporter substrate-binding protein  40.05 
 
 
416 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.366661  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1831  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.83 
 
 
440 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0495753  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1830  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.05 
 
 
440 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0495753  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
392 aa  97.1  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
389 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
394 aa  89  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
377 aa  86.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
387 aa  83.2  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.51 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
415 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
387 aa  76.6  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
401 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
411 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
412 aa  75.1  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.59 
 
 
395 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  22.8 
 
 
407 aa  73.9  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  26.46 
 
 
438 aa  73.2  0.000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
398 aa  73.6  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
425 aa  71.2  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
472 aa  71.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.48 
 
 
404 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
406 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
410 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.68 
 
 
410 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
411 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
418 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
394 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.88 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.86 
 
 
407 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 
385 aa  67.8  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
385 aa  66.6  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
406 aa  67  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.34 
 
 
512 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
407 aa  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
376 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.92 
 
 
410 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
382 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.5 
 
 
480 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
410 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 
435 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
406 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
393 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
400 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.32 
 
 
396 aa  63.9  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
384 aa  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
412 aa  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
378 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
390 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.57 
 
 
392 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
397 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  22.66 
 
 
400 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
401 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.34 
 
 
403 aa  62.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.7 
 
 
406 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
382 aa  63.2  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.58 
 
 
415 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  27.19 
 
 
373 aa  62  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  27.13 
 
 
394 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
410 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.24 
 
 
374 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
384 aa  61.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
399 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
379 aa  61.6  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2114  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
474 aa  61.2  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0375175  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
406 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  23.71 
 
 
379 aa  60.8  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.82 
 
 
381 aa  60.8  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.57 
 
 
373 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 
375 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 
419 aa  60.5  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  45.76 
 
 
383 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
381 aa  60.1  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
441 aa  60.1  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
397 aa  60.1  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
397 aa  59.7  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  22.94 
 
 
403 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.16 
 
 
410 aa  59.3  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.72 
 
 
434 aa  59.3  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
384 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
396 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  37.17 
 
 
381 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.2 
 
 
373 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>