More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3208 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3208  sensory transduction protein kinase  100 
 
 		 451 aa  928    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003585  sensor histidine kinase  59.19 
 
 		 445 aa  521  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0933  sensor histidine kinase  59.45 
 
 		 449 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.592791  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0858  cyclic nucleotide-binding protein  40.04 
 
 		 480 aa  292  8e-78  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.638136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3362  sensor histidine kinase  27.84 
 
 		 641 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.610194  normal  0.575745 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02625  hypothetical protein  30.02 
 
 		 646 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003750  sensor histidine kinase  32.24 
 
 		 646 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0232552  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0726  response regulator  29.05 
 
 		 651 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000761968  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 		 785 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  27.84 
 
 		 785 aa  111  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0368  histidine kinase  29.14 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99767  normal  0.158582 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  29.38 
 
 		 468 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  28.92 
 
 		 730 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 		 685 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  26.03 
 
 		 468 aa  105  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.7 
 
 		 708 aa  104  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 710 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  31.51 
 
 		 308 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 		 1146 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.35 
 
 		 1036 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  27.68 
 
 		 1850 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1343  histidine kinase  27.14 
 
 		 468 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  27.59 
 
 		 770 aa  102  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  27.49 
 
 		 1797 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 715 aa  100  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 627 aa  100  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 		 1101 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2643  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 552 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  26.59 
 
 		 429 aa  98.6  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  27.24 
 
 		 601 aa  99  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2812  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 		 495 aa  97.4  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 641 aa  97.1  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  27.5 
 
 		 439 aa  96.7  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  28.4 
 
 		 626 aa  96.7  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 		 553 aa  96.7  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  26.61 
 
 		 598 aa  96.3  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 1021 aa  96.3  9e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 713 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.25 
 
 		 971 aa  96.3  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 		 557 aa  95.5  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 		 437 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  28.9 
 
 		 1795 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.5 
 
 		 771 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 392 aa  94.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 468 aa  94.7  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  26.44 
 
 		 1901 aa  94.7  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 		 1089 aa  94.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 		 802 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 		 919 aa  94.7  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 462 aa  94.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.19 
 
 		 566 aa  94.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  26.59 
 
 		 1804 aa  94.4  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0967  sensor histidine kinase  25.93 
 
 		 401 aa  94  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 		 540 aa  94  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5024  histidine kinase  29.87 
 
 		 457 aa  94  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 		 467 aa  94  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  27.33 
 
 		 680 aa  93.6  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4575  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 		 475 aa  93.6  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0407  histidine kinase  26.34 
 
 		 485 aa  93.2  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  26.52 
 
 		 497 aa  93.2  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  27.24 
 
 		 1934 aa  93.2  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  27.38 
 
 		 505 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  27.5 
 
 		 433 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.48 
 
 		 833 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  27.81 
 
 		 1794 aa  92.8  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4177  histidine kinase  28.3 
 
 		 620 aa  92.8  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.661658  normal  0.571454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1844  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 		 714 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.257508  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 		 699 aa  92  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.5 
 
 		 1780 aa  92  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  27.74 
 
 		 1805 aa  91.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 		 439 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  25.2 
 
 		 449 aa  91.3  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 		 467 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 928 aa  90.9  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.33 
 
 		 1942 aa  90.9  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  25.93 
 
 		 715 aa  90.9  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  28.52 
 
 		 1187 aa  90.5  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 594 aa  90.5  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  26.77 
 
 		 724 aa  90.5  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4589  histidine kinase  27.03 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5143  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 		 408 aa  90.1  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19932  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0527  histidine kinase  30.74 
 
 		 303 aa  90.1  7e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.157693  hitchhiker  0.000017266 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  26.98 
 
 		 1808 aa  90.1  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  27.8 
 
 		 305 aa  90.1  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1222  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 686 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583301 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.78 
 
 		 726 aa  89.7  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  28.76 
 
 		 611 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  26.71 
 
 		 598 aa  89.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 		 688 aa  89.4  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2864  histidine kinase  27.14 
 
 		 731 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 		 602 aa  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.71 
 
 		 470 aa  89.4  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.55 
 
 		 576 aa  89  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 		 611 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>