More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4468 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4468  putative transcriptional regulator protein  100 
 
 		 403 aa  807    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0284418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2924  ROK family protein  64.18 
 
 		 407 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.381987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3184  ROK family protein  63.93 
 
 		 416 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00402315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1214  transcriptional regulator  59.29 
 
 		 400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  33.01 
 
 		 442 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  25.95 
 
 		 383 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  28.9 
 
 		 402 aa  92.8  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  23.06 
 
 		 404 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  24.48 
 
 		 425 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  24.68 
 
 		 425 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  24.15 
 
 		 435 aa  89  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  22.74 
 
 		 404 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  28.2 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  22.86 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  23.1 
 
 		 408 aa  88.2  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  25.29 
 
 		 407 aa  88.2  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  23 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  23.32 
 
 		 391 aa  86.3  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  24.65 
 
 		 407 aa  86.3  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  20.94 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  28.51 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  25.52 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  21.45 
 
 		 408 aa  83.6  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  26.32 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  23.73 
 
 		 410 aa  81.6  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  24.23 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  24.8 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  24.56 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  25.61 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  25.6 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  22.4 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  22.97 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5104  ROK family protein  24.78 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.288839  normal  0.92903 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  25.84 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  24.86 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  23.99 
 
 		 400 aa  78.2  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7220  ROK family protein  26.53 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.501197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  26.99 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  22.57 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  24.72 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  29.36 
 
 		 403 aa  77  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  25.94 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  25.94 
 
 		 409 aa  76.6  0.0000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2951  ROK family protein  25.21 
 
 		 401 aa  76.3  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  25.32 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  26.74 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  23.43 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  24.1 
 
 		 434 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  24.18 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  23.13 
 
 		 378 aa  72.8  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4996  ROK family protein  24.8 
 
 		 420 aa  72.8  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  21.14 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  21.14 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4888  ROK family protein  26.2 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  22.82 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  21.84 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  21.84 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  22.99 
 
 		 396 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1865  ROK family protein  21.39 
 
 		 399 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.579561 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0731  ROK family protein  22.61 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  27.87 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  25.52 
 
 		 410 aa  70.5  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  26.4 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  23.18 
 
 		 405 aa  69.7  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  26.02 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  23.19 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  25.36 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  26.05 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  27.14 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  24.86 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  20.94 
 
 		 402 aa  67  0.0000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  20.97 
 
 		 406 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  27.32 
 
 		 410 aa  67  0.0000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1684  ROK family protein  23.32 
 
 		 391 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.805279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  25.95 
 
 		 397 aa  67  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  24.65 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  24.78 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  25.97 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  20.97 
 
 		 406 aa  66.2  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  22.13 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  21.26 
 
 		 406 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  20.63 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  20.75 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  20.63 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  20.63 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  23.89 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>