More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2951 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1865  ROK family protein  78.64 
 
 		 399 aa  641    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.579561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2951  ROK family protein  100 
 
 		 401 aa  795    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1684  ROK family protein  78.21 
 
 		 391 aa  624  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.805279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  36.73 
 
 		 428 aa  225  8e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  26.05 
 
 		 435 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  22.66 
 
 		 408 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  29.63 
 
 		 425 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  29.34 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  29.97 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  27.89 
 
 		 409 aa  122  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  26.34 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  24.23 
 
 		 391 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  27.71 
 
 		 395 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  27.4 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  27.34 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 405 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  25.76 
 
 		 405 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  25.55 
 
 		 396 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  27.73 
 
 		 418 aa  113  6e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  29.43 
 
 		 401 aa  113  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  27.3 
 
 		 425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  25.7 
 
 		 399 aa  109  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  25.86 
 
 		 434 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1432  ROK family protein  23.06 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00411657  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  27.63 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  28.06 
 
 		 405 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  26.82 
 
 		 399 aa  106  9e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  28.72 
 
 		 401 aa  106  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  23.21 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  23.32 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  27.95 
 
 		 429 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  25.43 
 
 		 397 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  24.86 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  24.59 
 
 		 404 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  24.68 
 
 		 407 aa  103  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  25.32 
 
 		 407 aa  102  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  24.87 
 
 		 408 aa  103  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  24.87 
 
 		 408 aa  103  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  27.56 
 
 		 406 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10490  transcriptional regulator/sugar kinase  26.67 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3264  ROK domain-containing protein  26.57 
 
 		 404 aa  102  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.228362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  24.68 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  27.19 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  23.97 
 
 		 400 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  27.68 
 
 		 404 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  27.75 
 
 		 390 aa  100  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  24.61 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  26.97 
 
 		 425 aa  99.8  8e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1101  ROK family protein  28.14 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.150829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1260  ROK family protein  30.38 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464207 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7454  Transcriptional regulator/sugar kinase-like protein  26.03 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.361463 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  27.39 
 
 		 387 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  25.8 
 
 		 427 aa  98.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.208854 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  23.34 
 
 		 416 aa  98.2  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  27.91 
 
 		 410 aa  97.1  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  21.8 
 
 		 408 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  29.03 
 
 		 417 aa  97.1  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  23.95 
 
 		 404 aa  97.1  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  23.16 
 
 		 406 aa  96.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2195  transcriptional regulator ROK family  27.8 
 
 		 386 aa  96.3  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0880  ROK  30.91 
 
 		 403 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.185175  normal  0.0528281 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  26.33 
 
 		 442 aa  95.9  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5412  transcriptional regulator ROK family  25.4 
 
 		 396 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.125738  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0258  ROK family protein  26.2 
 
 		 406 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  27.03 
 
 		 402 aa  95.1  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  23.28 
 
 		 405 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  23.28 
 
 		 405 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  22.98 
 
 		 407 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0688  ROK family protein  23.19 
 
 		 387 aa  92.8  8e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  28.73 
 
 		 404 aa  92.8  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  23.62 
 
 		 400 aa  92.8  9e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  23.9 
 
 		 378 aa  92  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  22.89 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  22.85 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1215  ROK family protein  24.78 
 
 		 393 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  24.02 
 
 		 407 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  27.64 
 
 		 402 aa  90.5  5e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  27.14 
 
 		 398 aa  90.5  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  27.94 
 
 		 395 aa  90.1  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  26.55 
 
 		 422 aa  90.1  6e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  29.32 
 
 		 401 aa  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  27.46 
 
 		 429 aa  89.7  8e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  22.91 
 
 		 405 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  23.6 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  25.84 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  29.98 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  22.55 
 
 		 396 aa  88.2  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  24.19 
 
 		 406 aa  87.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>