109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3292 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  100 
 
 		 228 aa  461  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  92.11 
 
 		 228 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  87.28 
 
 		 228 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  84.65 
 
 		 228 aa  407  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  84.65 
 
 		 228 aa  400  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  73.78 
 
 		 225 aa  344  6e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4696  glutamate synthase family protein  68.28 
 
 		 235 aa  308  4e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.917164 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  64.63 
 
 		 229 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  64.19 
 
 		 229 aa  302  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  65.79 
 
 		 227 aa  301  4.0000000000000003e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  62.88 
 
 		 229 aa  297  9e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  61.84 
 
 		 227 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2249  glutamate synthase alpha subunit  62.88 
 
 		 224 aa  291  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  61.4 
 
 		 227 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.32 
 
 		 224 aa  291  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  60.26 
 
 		 229 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  63.11 
 
 		 227 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  62.39 
 
 		 242 aa  278  4e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4805  glutamate synthase alpha subunit domain protein  63 
 
 		 247 aa  277  8e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.67 
 
 		 238 aa  276  1e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  60.26 
 
 		 229 aa  276  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.23 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.23 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  60 
 
 		 228 aa  275  5e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1298  glutamate synthase alpha subunit  59.82 
 
 		 227 aa  267  8.999999999999999e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.186101  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  59.73 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2633  glutamate synthase alpha subunit domain protein  58.15 
 
 		 235 aa  258  6e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  57.08 
 
 		 230 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  53.54 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  50.66 
 
 		 232 aa  228  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  53.33 
 
 		 236 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  52.21 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  33.64 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.57 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  29.77 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  29.77 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  33.33 
 
 		 281 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.44 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.84 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.86 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  30.22 
 
 		 670 aa  62.4  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  27.95 
 
 		 248 aa  62  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  26.98 
 
 		 294 aa  62  0.000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  29.46 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  30.48 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  32.06 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  32.54 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  27.91 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.04 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  40.66 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  45.07 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25.42 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.47 
 
 		 266 aa  57  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.81 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0956  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.42 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  43.66 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  28.12 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  32.17 
 
 		 415 aa  57  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1094  glutamate synthase alpha subunit  27.7 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  27.16 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.75 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  39.8 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  34.82 
 
 		 424 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  30.22 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  27.95 
 
 		 256 aa  55.1  0.0000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  35.4 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  26.34 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.07 
 
 		 256 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  25.9 
 
 		 568 aa  53.9  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1189  glutamate synthase alpha subunit  29.77 
 
 		 255 aa  53.5  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  33.33 
 
 		 572 aa  53.5  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  29.41 
 
 		 568 aa  53.9  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.59 
 
 		 301 aa  53.1  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  30.77 
 
 		 266 aa  53.1  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.47 
 
 		 240 aa  52.8  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1127  hypothetical protein  25.95 
 
 		 256 aa  52.4  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000223973  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  27.45 
 
 		 264 aa  52  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 		 257 aa  52  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  31.82 
 
 		 245 aa  52  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30.56 
 
 		 646 aa  52.4  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  29.45 
 
 		 263 aa  52  0.000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  27.12 
 
 		 248 aa  52  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  27.78 
 
 		 266 aa  52  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  35.24 
 
 		 270 aa  51.2  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_945  glutamate synthase-like protein protein, alpha subunit-like protein  25.16 
 
 		 256 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  24.56 
 
 		 252 aa  50.4  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.68 
 
 		 256 aa  50.1  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1473  formylmethanofuran dehydrogenase  27.59 
 
 		 275 aa  50.1  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0663  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  29.05 
 
 		 247 aa  49.3  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.358325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3133  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  38.66 
 
 		 281 aa  49.3  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  41.51 
 
 		 266 aa  48.9  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.46 
 
 		 269 aa  48.5  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1198  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C (tungsten)  34.34 
 
 		 152 aa  48.5  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.9 
 
 		 274 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  33.33 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  34.41 
 
 		 553 aa  46.6  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2708  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25.99 
 
 		 248 aa  46.2  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.414191  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.73 
 
 		 286 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2464  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.04 
 
 		 281 aa  45.4  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.109296 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>