94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3133 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3133  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  100 
 
 		 281 aa  546  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  54.96 
 
 		 276 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2626  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  55.36 
 
 		 269 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  44.14 
 
 		 274 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2464  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  46.29 
 
 		 281 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.109296 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  43.64 
 
 		 286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.59 
 
 		 269 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  37 
 
 		 268 aa  159  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  34.4 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0523  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  39.78 
 
 		 264 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300278  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  37.01 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5773  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  41.61 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5997  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  43.27 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1775  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  38.27 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  0.875805 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2159  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  38.41 
 
 		 265 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0901303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1824  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  38.04 
 
 		 265 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  33 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1793  glutamate synthase alpha subunit  36.17 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607708  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  35.94 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  30.46 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  29.86 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  35.42 
 
 		 307 aa  106  3e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  33.85 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  36.78 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  36.46 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  31.94 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1421  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.15 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.23 
 
 		 266 aa  103  4e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  30.46 
 
 		 272 aa  102  5e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.46 
 
 		 272 aa  102  8e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1473  formylmethanofuran dehydrogenase  32.29 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  30.66 
 
 		 424 aa  100  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  30.46 
 
 		 272 aa  100  3e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  34.09 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 		 415 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.6 
 
 		 415 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  32.08 
 
 		 415 aa  97.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  32.81 
 
 		 266 aa  95.9  6e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  28.65 
 
 		 332 aa  88.6  9e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1189  glutamate synthase alpha subunit  32.24 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0283  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.49 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.363907  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  33.54 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  31.66 
 
 		 256 aa  65.1  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  33.04 
 
 		 572 aa  53.5  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0890  glutamate synthase (ferredoxin)  28 
 
 		 1536 aa  50.8  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00390315  decreased coverage  0.000127994 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0526  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.24 
 
 		 1548 aa  49.7  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.801021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.07 
 
 		 250 aa  49.7  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  38.66 
 
 		 228 aa  49.3  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  28.03 
 
 		 568 aa  49.3  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.41 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  35.87 
 
 		 553 aa  48.9  0.00009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  29.79 
 
 		 312 aa  48.5  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  34.06 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  35.71 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0878  glutamate synthase alpha subunit  28.72 
 
 		 312 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.225814  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  36.63 
 
 		 228 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  33.33 
 
 		 228 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0019  glutamate synthase (NADPH) large subunit  27.78 
 
 		 1524 aa  46.6  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  28.67 
 
 		 568 aa  47  0.0004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0488  glutamate synthase (ferredoxin)  29.38 
 
 		 1516 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1198  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C (tungsten)  35.26 
 
 		 152 aa  46.6  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0302  glutamate synthase (NADPH) large subunit  33.56 
 
 		 1509 aa  47  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.466931 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0653  glutamate synthase  30.47 
 
 		 1571 aa  46.6  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.58912  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  35.42 
 
 		 229 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  26.51 
 
 		 252 aa  45.8  0.0009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.74 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5558  glutamate synthase (ferredoxin)  32.41 
 
 		 1576 aa  45.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155469  normal  0.943679 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1294  glutamate synthase (ferredoxin)  31.54 
 
 		 1562 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.163498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1117  Glutamate synthase (ferredoxin)  29.1 
 
 		 1468 aa  45.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1607  tungsten containing formylmethanofruran dehydrogenase subunit C-related protein  28.72 
 
 		 313 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  31.36 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30.71 
 
 		 242 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1176  glutamate synthase (NADPH) large subunit  30.89 
 
 		 1479 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0525  tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C-like  29.93 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.618523  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  30.91 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1954  glutamate synthase subunit alpha  31.5 
 
 		 1487 aa  43.9  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0529  Glutamate synthase (ferredoxin)  31.45 
 
 		 1474 aa  44.3  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.41827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2395  glutamate synthase (ferredoxin)  31.72 
 
 		 1586 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004468  glutamate synthase [NADPH] large chain  31.97 
 
 		 1487 aa  43.5  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0403  glutamate synthase subunit alpha  30.71 
 
 		 1507 aa  43.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0405842 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0834  glutamate synthase subunit alpha  28.09 
 
 		 1482 aa  43.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87862  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1032  glutamate synthase subunit alpha  32.28 
 
 		 1482 aa  43.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.843249 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0466  glutamate synthase (ferredoxin)  28.91 
 
 		 1546 aa  42.7  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.549913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20710  glutamate synthase (NADH) large subunit  33.88 
 
 		 1524 aa  42.7  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.42786 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1083  glutamate synthase alpha subunit  29.11 
 
 		 320 aa  42.7  0.007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.386486  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1221  glutamate synthase subunit alpha  32.28 
 
 		 1482 aa  42.7  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.120556 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0683  glutamate synthase (ferredoxin)  29.66 
 
 		 1580 aa  42.4  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.146525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1487  glutamate synthase, large subunit  29.27 
 
 		 1465 aa  42.4  0.008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0194294  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1503  ferredoxin-dependent glutamate synthase  34.71 
 
 		 1530 aa  42.7  0.008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3875  Glutamate synthase (ferredoxin)  30.71 
 
 		 1566 aa  42.4  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.146971 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  31.88 
 
 		 228 aa  42  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.47 
 
 		 240 aa  42  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1008  glutamate synthase (NADH) large subunit  32.28 
 
 		 1566 aa  42  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2763  glutamate synthase subunit alpha  33.33 
 
 		 1491 aa  42  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>